• ↓
  • ↑
  • ⇑
 
01:18 

9.05

Ходили с Тёмой и родителями к деду на кладбище. Вспоминали его последние дни, говорили о разном. Вечером с подачи Фриды вышел на сайт pamyat-naroda.ru/ и нашел там много интересного - например, наградные листы к дедовским орденам, которые лежат у нас в тумбочке. Теперь я знаю, за что именно он получил свою Красную Звезду.



Анька тоже нашла много про свою родню. Надо будет все-таки собраться и оцифровать снимки, которые у нас остались, подписать и свести в единую базу, пока еще помнится.

02:22 

Пасмурно, день накануне.

Вчера пришел домой и упал спать, не успев ничего сюда написать - в итоге получил закономерный минус по хитам в Habit и минус в карму от всей команды. Хотя было довольно много всего - ходили в Ботсад с Анькой, мелкой и еще кучей народу смотреть на сакуру. Кажется, в этот день половина города развлекалась тем же. Потом добрался до лабы, из полезного успел только поставить считаться SAM-файл со всеми библиотеками для нерпы, чтобы таки растянуть ее с помощью RACA на кошачьи хромосомы. Да, с утра еще в первый мед на обследование для очередной сдачи тромбоцитов, вечером - за справкой к инфекционисту на Ленинский. Заодно зашел к родителям, показал отцу, как в вк фоточки заливать.

Сегодня с утра сдавал тромбоциты - в этот раз, видимо, удачно вкололи, забор почти не останавливался. И мне по-прежнему скучно час лежать и ничего не делать. Доктор, что со мной не так?
По обратной дороге зашел постричься, теперь у меня есть любимый мастер совсем рядом с домом. Потусили с мелкой, поговорил с Джуном Лиангом из малайской команды про их транскриптомную статью. Они хотят ее улучшить, готовы принять в соавторы. Но это сложно, там у них в статье куча данных и никакой истории. Например, по всем ортологам построили филогению, а получилось дерево, которое уже и так известно. Сравнили транскриптомы из разных органов - а в итоге экспрессия почти везде одинаковая. Показали, что есть обогащение по генам, отвечающим за стресс - но у них было одно животное, беременная самка, причем уже умирающая (живого здорового панголина никто забить не даст, конечно). Так что data-driven research не получается, если что-нибудь крутое срочно не придумать. Клаус сказал то же самое - мол, лучше даже не пытаться, а подключить это к геномной статье, а то будет "salami-paper", когда каждый кусок данных пытаются опубликовать отдельно и получается куча лишенских статей в мурзилках с низким импактом.
На обед вытащил Полину к узбекам, она рассказала, что ее папа зовет ее в Китай в конце лета на неделю. Оказывается, можно вписаться и поехать с ними. Надо подумать, отпустят ли меня домашние и сколько это будет стоить.

Виделся с Олей, говорили про разное. Кажется, у меня где-то нашлась заначка вселенского спокойствия. Надо будет не забыть, где она лежит, и пользоваться при случае.
Вечером отвез Полинке чехол для велика для их завтрашнего похода и аккум. В ночи, пока мелкая спала, Анька показала нам с Лёшкой "Фриду", в рамках подготовки к ЧС. Отличнейший фильм, очень крутой и красивый. Я б так жил - интересно, что мешает?

00:22 

Солнце и тупилка

Сегодня в программе было бессмысленное тупление в пространство и прогулки под весенним солнцем. В лабе пытался запустить Pseudopipe для поиска псевдогенов в нерпе, ничего не получилось - нужно установить FASTA, а она не компилируется. Ненавижу академический код. Надо быть лучше.
В лабе почти никого нет, это очень расхолаживает.
Вечером отпустил Аньку на танцы, взял мелкую на прогулку в рюкзаке. Рюкзак - это офигенно. Обошли весь квартал, добыли давно обещаную сковородку и еще кучу всего, и это почти без потери мобильности.

23:44 

И город был новый, живой

Четыре дня не был на связи, потому что рассекал на велике по финским горкам в отличной компании. Было примерно так:



Поэтому сегодня все мои рассказы на работе начинались со слов "Сегодня я проснулся в полшестого утра под ёлкой в лесу, в пяти километрах от города Коувола.".
Мы умудрились добраться до вокзала на утренний "Аллегро" в 7:26, причем еще в начале пути у Олега сломался переключатель передач, и его велик превратился в самокат. Дальше домчали до Питера, по дороге обсуждали андроидов в виде женщин-таможенниц (woman-shaped object), которые проверяли у нас документы в Выборге, подгоняя наши ответы под стандартный алгоритм.
Дома помылся, поел, разобрался, что происходит у малайцев, и ломанулся в лабу поговорить со Стивом. Они хотят публиковать отдельно статью по транскриптому своего панголина, и у них она уже почти готова. У нас были сомнения, что, мол, это может снизить эффект от основной статьи, но мы посмотрели, поняли, что никакой rocket science там нету, так что пусть себе публикуют. Из интересного они там посчитали, сколько генов-ортологов специфичны для панголина по сравнению с коровой, кошкой, собакой, лошадью и человеком, но это не особо важно - все равно в геномной статье список видов другой.
Зато у них получается интересное по анализу признаков для геномной статьи. Про зубы - у обоих панголинов поломан ген ENAM, кодирующий энамелин, основной белок эмали зубов. Это вполне логично, у них зубы редуцированы, и это уже было в статье Meredith et al., с данными палеонтологии. А еще в списке генов, связанных со зрением, тоже нашлись несколько поломанных, отвечающих за сумеречное зрение и связанных с ранней катарактой - там тоже ранние стоп-кодоны или сдвиги рамок считывания. Если еще что-нибудь такое же интересное найдется для генов кератина, из которого у них чешуя сделана, будет совсем круто, можно будет уже собирать статью.
Остальное время тупил, дома валялся с мелкой на полу и пытался не заснуть. Получалось с трудом. Вот и теперь...

02:08 

Ничего и маргаритки

Сегодня весь день сидел с Женькой, пока Ф. ездила забирать свой и ее загранпаспорт. Оказалось, что она у нас Evgeniia - вот такие теперь чудные правила транслитерации. Намучается парень, подумал я.
По ходу дела вроде наконец дописали заявку со швейцарцами, теперь осталось не протупить дедлайны и не забыть нужных галочек в КИАС поставить. Параллельно из ниоткуда появился Коля, коллега по прошлой жизни в Ботаническом, предложил таки дописать и опубликовать статью по мотивам моего диссера. Посмотрел его правки, вроде норм - надо теперь деревья из нафталина вытащить и привести в пристойный вид.
Еще заглянул на стрелку по "Черному Солнцу", задвинул Яцуренко телегу про относительность истории - вроде им все понравилось, надеюсь, не сорвется. В ночи пытался запустить RACA-скаффолдинг нерпы по кошке, но ему нужна куча файлов в своем формате. Запустил подготовительный скрипт, падаю спать - завтра рано утром надо забирать чехол для велика и собираться в Финку - электричка в шесть вечера.

03:49 

Дождь идет стеной, дождь идет весь день

По ходу, организм после очередного отбоя в три часа ночи сказал "хозяин, ты совсем офигел" и вырубился до одиннадцати утра. ЧСХ, я же даже в Хабите завел привычку не ложиться после часа ночи. Но я ее завел как пряник, а не как кнут (сделал - получил экспу, не сделал - ничего не будет), и, по ходу, это не работает.
Внезапно осознал, что уезжать уже послезавтра, а рюкзак не собран, велик не смазан, и вообще паника-паника. И непонятно, в каком составе мы едем, так как Ксюша внезапно сорвалась в Непал - она там провела много времени, помогала строить школу, ну и вообще. Все правильно сделала, в общем.
В лабе Клаус меня поймал с новой идеей про нерпу. Она в Байкале питается практически исключительно голомянкой (он долго пытался выговорить это слово). Голомянка живет глубоко, нерпе надо за ней нырять и где-то там ее искать в полной темноте, практически наощупь. Так что имеет смысл посмотреть, что у нее с сенсорами - генами, отвечающими за зрение, запах, вот это всё. Они должны быть развиты гораздо больше, чем у их наземных родственников.
Дальше встретил Ю., пробежались по Острову на тему ее будущей игры для школьников, потом через пробки домой, отпустить Аньку на танцы. Приходила в гости Тролленок за ноутом на первые майские, была немедленно закаваена Женькой. Дальше вернулись Анька и Сайленсер, устроили локальный magic dance из "Лабиринта", потом пришло время нанести визит дружбы к соседям снизу, которых мы давеча залили цементом. Милые ребята, мальчик-инженер и девочка-экономист. Попили чаю с тортиком, договорились больше никого ничем не заливать. Показали нам адский апгрейд для велика - набор с Ebay, который превращает его в реальный мопед. Правда, говорят, не очень удобный, лучше заказывать электрический - тихо, экологично, можно заряжать по ходу, крутя педали.
Потом засмотрели очередную серию Сагана - в этот раз про Край Вечности. Все-таки он офигенный, я фанат. Рассказывал про Флатландию и черные дыры, показывал модельку тессеракта и индийские храмы. И трехмерный объект, по форме напоминающий яблоко, который очень расстроен тем, что его приняли за психическое заболевание.
Пообещал Сайленсеру заказать для него наборчик 23andMe, пообнимал Аньку, перевел наконец на русский тот кусок заявки про ботву. Теперь можно со спокойной совестью поставить галку в Хабите и идти спать.

03:07 

Вражеские ворота там, где Роулинг

Продолжаю грызть HPmor - в любом удобном месте, в метро, на эскалаторе, в маршрутке, даже просто идя по улице. Когда же он закончится?
С утра был эпик фэйл - поехал на Красного Текстильщика за заграном мелкой, и уже на месте обнаружил, что забыл ее свидетельство о рождении дома. Придется Аньке забирать, когда она пойдет за своим паспортом. Потом поехал в лабу, тупил, делал вид, что работаю. Просмотрел и отредактировал проект Владимира по Boechera, осталось поправить язык и сделать русскую версию - за два дня должны уложиться. Послушал рассказы Клауса о чудных карьерных перспективах в Штатах, включая возможность пользоваться кластером в Оак-Ридж. Показал ему хромосомные карты для нерпы, тот подтвердил историю с перестройками у собак и разницу в филогении по генам и по перестройкам, одобрил идею запускать RACA на кошке и человеке. Посоветовал обратиться к Kerstin Lindblad-Toh из Броада, которая сейчас работает в Упсале и собирает данные для 200 или что-то вроде геномов, чтобы сделать новую версию Evolutionary Constrained Elements (апгрейд их статьи www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3207357/). Хорошая сборка моржа на NCBI - это их данные, и они могут помочь в обработке. Заодно прислал нам статьи про новый метод Hi-C, который ребята из Швейцарии как раз хотят опробовать на Boechera.
Потом встречался с добрым человеком Риткой, получил давно обещанное морошковое варенье и ништяк из Ебурга, увидел крутую мозаичную икону Петрова-Водкина на бывшем здании института Вредена на Горьковской. Офигенное ар-нуво, смотрел бы и смотрел.
Потом домой, подхватил Аньку, встретили Сайленсера с Вил и пошли смотреть новых "Мстителей". Если не включать мозг, то даже неплохо, но это не так просто. Халк страдать.
В ночи сделал последний квиз по G&CD, оценил работы, пришедшие на peer review. Кажется, с этим курсом всё - через неделю узнаю оценки, но вроде есть шансы на полный балл.

02:54 

Воскресенье.

Эй, как тут делать записи за прошлый день, никто не знает? Ну ладно, будет так.
В общем, считаем, что сегодня воскресенье, и ничего не происходит. Пока Анька на вождении, сижу с мелкой и пытаюсь сделать домашний проект по курсу G&CD. Ничего не получается. Приходит сонный Лешка, все равно ничего не получается.
Вечером с Анькой ходили в Backstage на "Красных Элвисов". Как-то не зашло - клуб маленький, народу мало, играли в минимальном составе (4 человека), и очень громко, так что Анька утащила меня со второго отделения. По ходу, надо было ходить на их концерты лет пять назад. Дома за два часа до дедлайна нашел рецепт, как нормально группировать строки, всё получилось, и даже успел на гитхаб всё залить. В итоге в ночи добрался до Полинки и упал спать без задних ног.

01:33 

Гарри Поттер и молекулярная филогения.

Сегодня утром сидел с мелкой и параллельно пытался найти ERV у панголинов. Нашел только небольшие фрагменты, по 300-400 букв - при этом нормальный геном ретровируса 8-10 килобаз. Так что это, видимо, повторы, по которым они рекомбинируют, но нормальных вирусов там нет, или мы не собрали те участки, в которых они есть. Потом по совету Лёши проверил на нерпе - она собрана гораздо лучше. Но и там не нашлось. Надо, кстати, запустить широкий поиск по собранным геномам - их смотрят не все, и наверняка во многих геномах они просто не описаны. Можно будет сделать смешную статью (если это еще не сделано до нас, конечно).
Потом смотался в ИБ на две пары к Андрею - он рассказывал про виды отбора (положительный, отрицательный, дисруптивный) и то, как их детектировать, dn/ds и прочие штуки, а потом пробовали строить деревья в BEAST. В общем, тот же MrBayes, только гораздо удобнее и гибче. И всё равно я плохо понимаю еще, как мы считаем эти статистики, надо разобраться.
Дальше домой, тусить с Женькой тысячу лет и продолжать грызть ГП. Отпусти меня, чудо-трава.

01:33 

Пятница - зачем что-то делать?

С утра на скалодроме учились делать накат и распираться по стенкам. Вроде даже начало получаться, и как будто уже круче, чем раньше. Потом бодро вылезли на высоком трассу в углу, как раз потренировать распоры, а дальше на обычной стене Рузанна отправила на 6а. Долез до половины, побарахтался и сдался - все-таки еще рано, ручки слабенькие, нужно больше золота заниматься.
В лабу сегодня приходил Андрей Афанасьев, рассказывал, как устроен внутри iBinom. Довольно круто, хотя по сути просто SAMtools в обертке. Они, правда, пытаются прикрутить к нему Phenomizer и думают про Face2Gene, чтобы была целая система decision-support для врачей, но это еще в будущем.
Потом тупил, потом опять тупил, потом от безысходности начал искать эндоретровирусы в панголинах. Оказалось не так просто даже с готовым рецептом - скачал все ERV из базы, чтобы скормить его в lastz, а она не берет файлы больше 2,1 гигабайта. Теперь пытаюсь как-то разбить геном на куски, получается с трудом.
Продолжаю грызть "ГП и методы рационального мышления". Пока бодро, но чем дальше, тем зануднее - не уверен, что осилю целиком. Тем более что давно пора переходить на нормальные книжки к "Черному солнцу".

00:00 

Сегодня не сделал ничего из запланированного, вообще можно было из дома не выходить. Малайцы ответили, им нужны данные по времени дивергенции для дерева, которое построил Андрей, из-за этого все стоит. Остальные анализы они делают, Це Кинг работает над анализом признаков, и вроде уже даже что-то накопал. Интересно, что это будет. И самому тоже надо бы научиться. Говорят, у панголигов какая-то фигня с генами стресса, так что им вредно нервничать) Проверим.
Приехал Клаус, посмотрел на пилу с надписью Illumia у нас на стене. Пришлось объяснить ему значение слова "распил".
Вечером пришёл народ на настолки, сидят на кухне, играют в SmallWorld. Идиллия.

02:56 

Гетерозиготность и зеленые медузы

С утра Женька в очередной раз отличилась - появился повод впервые за два года постирать чехол от икеевского матраса. До возвращения Аньки с вождения тусил с мелкой, потом бегом в лабу.
На семинаре Гайк рассказывал про регионы гетерозиготности у гепардов - оказывается, их считали довольно просто, скользящим окном по геному, уже готовыми инструментами. Уровень гетерозиготности сравнивали с кошками, показали, что Cinnamon - инбредная линия, у которой их очень мало, а у питерского беспородного кота Бориса гетерозиготность зашкаливает. Причем в регионе MHC по сравнению даже с Cinnamon у гепардов очень низкая вариабельность, там Паша сделал красивую картинку в Circos.
Потом за обедом с Лёшей и Сережей Кливером думали про то, что можно сделать с их проектом по стерляди - там хотят смотреть, чем определяется пол, но данных для генома очень мало, зато есть транскриптомы. Пока непонятно ничего - вроде бы проще это делать FISHами, цитогенетикой.
Потом в том же составе поймали Володю, тот рассказал подробности о проекте его швейцарского шефа. У них есть данные для арабиса, Boechera divaricarpa - из Горчичных, родственник арабидопсиса, с небольшим геномом, апомикт, диплоид. Отличная модель для исследования апомиксиса, но, говорят, очень высокая гетерозиготность. В общем, решили подавать совместный РФФИ-SNF, надо написать и подать электронную заявку до конца апреля. Про себя называем этот проект зеленой медузой - исходные данные (риды Illumina и PacBio) и проблемы (высокая гетерозиготность) те же самые, что и в другом Лёшином проекте, медузе Aurelia aurita, с которой он возится уже почти два года. Рассчитываем на то, что если сумеем найти рецепт для нее, то и с этой ботвой тоже все получится.
По ходу семинара получил ответ на загруженную аннотацию для прохлоротрикса - оказывается, RAST все делает криво, и надо править руками описания сотен генов. В итоге решили плюнуть и запросить у NCBI их собственную автоматическую аннотацию. В итоге к вечеру уже была готова, так что с этим проектом, надеюсь, почти всё.
Дальше домой, отпустил Аньку на танцы и остался тупить с Женькой. Подобрал кусок из Alpha Вангелиса, потом пришел Лёшка, замутил крутую лазанью - я так не умею.
Вечером уже была просто тупилка - немного погрыз swirl() для курса по R, почти разобрался, как правильно группировать данные в dplyr.
Да, еще Лёша советовал для сайта посмотреть Google App Engine, но там нет реляционных баз, а я хотел MySQL. Надо потестить Amazon Free Tier, но это уже явно не сегодня, и не факт что завтра.
А, еще собрался с духом и написал малайцам, что мы сделали с панголином всё, что могли, а как делать остальные запланированные анализы, не имеем ни малейшего понятия. Стыдно, зато честно.

00:01 

Спать хочется

Сабж, поэтому тезисно.
Сегодня с утра мы с Аллой Львовной. собирались встретиться с социологами, которые тоже хотят делать свой курс на Coursera - рассказать им о своем опыте и о том, как делать не надо. Я перепутал время на час, пришлось все бросать и на самокате лететь из лабы в ГЗ, уложился минут за 12 где-то. В итоге от них был один мальчик, хороший и адекватный, и к этому прилагались два идиота из Управления Сопровождения Учебных Программ бла-бла-бла. В общем, мальчику все объяснили, на идиотов внимания постарался не обращать. Надеюсь, они не слишком будут ему мешать.
Дальше тупилка в лабе - загрузил новую версию аннотации для этой несчастной бактерии в GenBank, в ней снова нашлись ошибки, надо будет завтра с утра исправить и перепослать - надеюсь, на этом наши мытарства закончатся и можно будет отправлять статью. Дальше пришла девочка из Белоруссии - как выяснилось, подруга и бывшая коллега Зои Грушецкой. У них там трансгенный рапс и, кажется, табак - они хотят смотреть транскриптом обычного и трансгенного растения. Показали им нашу лабу, обсудили задачу, посчитали, в итоге решили, что делать будут у них, благо свой секвенатор есть, а я им потом соберу и проаннотирую транскриптом и посчитаю дифэкспресссию.
Дальше собрал документы на визу, сделал самое стремное фото за последний год - лохматый и небритый. Всё отдал в надежные руки и домой - купать Женьку и смотреть с Сайленсером очередную серию Сагана. В этот раз было про атомы, ядерные реакции и звёзды - какие они бывают и во что превращаются после смерти.
До взрыва Солнца у нас еще 6 миллиардов лет, так что есть время что-нибудь придумать, если не особо тупить.

02:15 

Понедельник - день не пойми какой

В общем, фиг мне сегодня, а не работа. Организм сказал "ничего не знаю" и согласился проснуться только в полдень.
Дальше было две хороших, годных встречи, по мотивам которых надо немного подумать про смысл жизни. И, как минимум, не залипать в комп до поздней ночи в попытках сделать ВСЮ работу, а иногда отвлекаться на занятия чепухой. Тем более что курсовой проект по Reproducible Research я тоже провалил по срокам, а на проект по Getting and Cleaning Data есть еще неделя. Осталось только понять, как усреднять значения в таблице по двум факторам. Интересно, что там работают с одним и тем же исходным набором данных - показания грависенсоров со смартфонов. Когда закончу очистку, можно посмотреть, что делали в исходной работе - archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Human+Activity+....

Вечером увиделся с Сашкой, который наконец прилетел из Англии на месяц, пока там ученые мужи читают его диссер. Показал мне свою базу людей по Столетней войне. Выглядит круто. Потом вечером спросил Лёшку, оказалось, что ее можно легко перегнать из Аксесса в MySQL и запилить сайт на Bootstrap. Если заморочиться, будет прототип, который можно показывать разным фондам и клянчить денег. И вообще это будет прорыв в Digital Humanities, по крайней мере по российским меркам.

Снова пытался зайти к соседям с тортиком. Опять никто не открыл. Надо будет им в почтовый ящик записку опустить. В итоге тортик съели сами, под "Невероятную жизнь Уолтера Митти". Как и ожидалось, Лёшке зашло, Аньке тоже. Теперь все думают о билетах в Исландию и полевых дневниках.
Осталось собрать рюкзак на завтра, поставить две волшебные галочки в HabitRpg и пойти спать с чувством выполненного долга, не обращая внимания на то, что ничего за день по факту не сделано )

01:21 

Неровный день

Суперпродуктивное утро - перед сном читал про марафоны дел, и с утра как-то нахрапом, встав с помощью Аньки и Женьки в восемь, помог разобрать фильтр от стиралки, нашел клад, вымыл пол в ванной, почистил ванную. Анька убежала в автошколу, мелкая немного поспала, я потупил в курсеру. Дальше Лёшка убежал, я тупил, читал, завтракал, играл на синте, поглядывая на ползающую вокруг мелкую. Потом пошли с ней гулять и увлеклись. Дальше домой, в магазин и с Полинкой на "Территорию". Это что-то стремное, я хочу туда. Много думаю. Завалил еще один дедлайн, зато по другому оказалась еще неделя срока. Можно дальше жить спокойно. В целом собой недоволен, конечно.
Кажется, я снова не знаю, чего хочу. Завтра надо добыть все документы на загран, передать их О., а потом сделать хоть что-то по работе. Надо прочитать статьи про морских млеков и понять, куда копать с нерпой. С Андреем и Лёшей устроить мозговой штурм. И к соседям вечером с тортиком заглянуть - сегодня их не было.

01:32 

Конец ремонта и бессмысленность.

Сегодня наконец-то выспался, всей компанией спали ажно до 11-ти (подьем с Женькой в 7:30 не в счет, она потом обратно заснула). Завтрак, потупить, скушать вчерашний тортик по случаю окончания большого дела, и начать двигать мебель. В итоге с 12 до трех все передвинули и отмыли - офигеть, теперь в квартире снова куча пустого места. И все равно как-то не очень уютно, надо что-то придумать.
Дальше рванул в Universe к Андрею на лекцию. Он рассказывал про молекулярные датировки, и немного попробовали Beast. В перерыве рассказал про морских млеков- хочет сделать более подробно, с 9 видами, но надо почитать все эти геномные статьи, на которые у меня ссылки в Эверноте. По ходу ломанули мой вк, восстановил пароль, пришлось перед всеми извиниться, кое с кем пообщаться из давно не виденных - обсудили с Капелью Сонгкран, с Кириллом погоду, с другим Кириллом разговоры со старыми знакомыми )
Потом пойти погулять с Олей, узнать всё про юг России и почему туда не надо ехать отдыхать (если не брать машину и не ехать в Абхазию, конечно). Заодно спросил про визу - надо в понедельник добыть бумажку из отдела кадров и сфотографироваться (придти в лабу утром и позвонить в кадры оттуда!).
Вечером искупал мелкую, сел делать домашку по R. Затупил, надо собраться и завтра закончить. Но я уже близок, осталось понять, как их нормально группировать, и посчитать средние. Это утром должно получиться. Но вообще от всего этого трека с R у меня странные ощущения - как будто я уже старый и у меня мозги скрипят, и очень много сил уходит на выполнение задания, и как будто все студенты должны это всё выполнять легко и просто. А я за каждым вопросом лезу в гугл, на стэковерфлоу и проч. Интересно, это реально так, или все тупят и так и положено?
Если останется время, надо попробовать еще завтра сделать домашку по Reproducible Research, должна быть не такой сложной. А теперь спать (и не забыть рульку из духовки в холодильник убрать, да!).
И все равно ощущения от дня как от пустого. Почему так?

01:51 

Дыбр пятничный, 17.04.15. Скалодром, конец ремонта и прокрастинация

Сегодня утро началось со скалодрома. Точнее, нет, с утра я был первым человеком в нашей семье, испытавшим на Женьке новые подгузники-трусики. По-моему, это довольно неудобно, но Анька потом днем повторила мой подвиг и утверждает, что всё ок и так действительно проще.
Быстрый завтрак йогуртом, хватаю рюкзак и в РокТаун, на второе занятие базового курса. В четверть десятого поймал Ю. по дороге, Рузанна уже была на месте. Начали с болдеринга травесом в малом зале, поучились стоять в углах без рук. Потом попробовал автостраховку, адская штука - прыгать с высоты в никуда очень страшно. Дальше было несколько высоких стенок с обычной страховкой, все норм, кроме последней - у меня под конец устали руки и я повис, а Ю. где-то в первой трети не рассчитала и сорвалась. Страховка норм )
Дальше домой, тут уже Серик с сыном работают в полный рост. Отпустил Аньку с мелкой на массаж, сел пытаться разбираться, что происходит. Пробовал допилить проект по Getting&Cleaning data, вспомнил что к чему, нашел подробный гайд, но потом отвлекся. В итоге просто прошел третий квиз, больше ничего в эту сторону не сдвинулось.
Потом вернулась Анька, тусили с мелкой некоторое время, дальше выяснилось, что не хватает материалов. Пришлось ехать в "Петрович" за еще ламинатом и порожками.
Когда вернулся, Лёша Комиссаров попросил найти все белки, мРНК и гены для морских млеков, их всего 8 штук сделано. Этим и развлекался до вечера, с перерывом на сходить с Сериком до метро и рассчитаться, зайти в магазины за тортиком на обратном пути, а потом дома искупать мелкую. Дальше пришел Лёшка, сделали ужин, поставили на место и подключили мойку, я сел обратно и наконец собрал все нужные гены, отправил Лёше. У Андрея Юрченко есть какая-то идея про окситоцин.
Еще пробовал погрызть домашку от Андрея. Понял, как скачивать ортологи из БиоМарта, но надо понять, как делать это в нормальный GFF - какие поля для загрузки выбирать. Завтра на его паре надо уточнить.
Пробовал посмотреть на RACA. Требует для запуска сложный конфигурационный файл, надо посмотреть пример. Поставил скачиваться - оказалось, что пример занимает 18 гигов, и чуть не уронил нам /home. Надо завтра скачать во что-нибудь более безопасное и там разобраться.
Уже под конец пришло письмо от NCBI, просят аннотацию. Оказывается, .gb от RAST им не подходит, нужен .tbl, который генерится какими-то их собственными скриптами. Я его даже сгенерил, правда, с несколькими предупреждениями. Куда его запихивать не знаю, отправил им ссылкой на облако, пусть разбираются.

Завтра надо спать, потом сходить к Андрею на занятия. Больше пока интересных затей не придумал - с утра уборка и расстановка мебели по старым и новым местам, вечером, возможно, R.

20:06 

Дыбр, 16.04.15

Заканчиваем ремонт. Сегодня, надеюсь, последний день с пустым коридором и кухней, покрытыми свежим цементом. Завтра придет восточный мужчина Серик и, по его словам, наконец-то положит подложку и ламинат, и можно будет жить нормально.
Добежало выравнивание цианобактерии на референс, в этот раз без ошибок - проверил с UniVec на наличие адаптеров, ничего не нашлось. Отправил в NCBI и подтверждение Наташе Величко. Она попросила проаннотировать, засунул новую сборку в RAST. К середине дня добежало, отправил ей.
Пошел подавать на визу. По дороге слушал Exploratory Data Analysis, третий курс из трека Data Science на курсере. С огорчением увидел, что, оказывается, уже идет вторая неделя, а к концу первой нужно было не только пройти тест, но и запостить ответы на первое практическое задание. Так что, видимо, не надо тратить время сейчас, и надо будет пройти его уже на следующий запуск - я все-таки хочу пройти все курсы этого трека на 100%. Так что в этом месяце надо пройти Getting and Cleaning Data и Reproducible research (первый у меня уже почти сделан, надо допилить практику до воскресенья). С визой меня развернули, так что надо думать, что еще можно сделать.
На работе отлично пообедали с Лёшей К. у наших соседей-узбеков. По дороге говорили про корпус русского языка - у Лёши есть вся флибуста, и теперь он развлекается тем, что пишет парсеры для нее. Уже умеет искать ближайшую книгу по спектру к-меров (точнее, униграмм - 1-мер из 1 слова).
Стив собирал staff meeting - он скоро уезжает, вернется только на майские. Велел не стесняться и говорить с ним, когда не знаешь что делать.
Внезапно оказалось, что у нас в лабе Денис Ларкин, проездом из Лондона. Пристали к нему с хромосомными картами для нерпы и панголина, подёргал Лёшу Макунина. Оказалось, что нерпа ближе к кошкам, чем к собакам, и на человека ее хромосомы похожи больше, чем на собачьи. Оказывается, у Canidae было много перестроек, и среди всех Caniformia самый предковый кариотип оказался у каменной куницы (Martes folia, Mustelidae) - похож на общий предковый для Caniformia и Feliformia.
sysbio.oxfordjournals.org/content/54/2/317/F5.m...
Интересно, что в статье про панголина тоже рекомендовали сравнивать его с кошкой и собакой через каменную куницу. Лёша прислал обзор по хромосомному пэйнтингу хищных, надо посмотреть.
Денис посоветовал запустить RACA нерпы на кошку, а как аутгруппу взять человека. Попробую скачать и запустить, там есть версия 2014 года.
Завтра пятница, надо с утра попробовать добраться до скалодрома. Потом на визу (если сегодня узнаю, что делать).
Сегодня дома надо не работать, учиться буду завтра. Пора начинать работать на работе, а дома жить спокойно. Осталось понять, как это делать, чтобы не повеситься.
Завтра надо понять, как распарсить функциональную аннотацию. Данные здесь:
sdobzhanskycenter.ru/storage1/akomissarov/genome...
Попробовать по GO по аналогии с гепардом, но не руками. И домашку от Андрея по филогеномике ещё. И тогда будет хорошо.

дыбр

главная