• ↓
  • ↑
  • ⇑
 
23:10 

Скоро будем голодать

Сегодня тоже какой-то пустой день. Забрал паспорта Аньки и мелкой, им дали финские мультивизы на два года. Почти закончил аннотацию транскриптов для мать-и-мачехи, загрузил их в sqlite-базу. Договорился о печати тезисов на миниконференции - "Свое издательство" очень крутое.
Потупили с Элей на тему проектов на летней школе. Есть тема дать ребятам собрать дрожжи и поискать там последовательности "винного кластера" или еще каких-нибудь интересных генов.
Внезапно словил приступ паники на тему того, что уже июль, в конце августа заканчивается срок моего постдока, а статьи еще не вышли, и даже не поданы. Надо собраться с мыслями, сконцентрироваться и наконец дописать всю эту кучу материала, которая у меня лежит в почти готовом виде. Шансов мало, но пробовать надо. Не успею - буду питаться человечиной из мусорников.

02:17 

Сегодня было довольно забавно, но по работе в итоге почти ничего не сделал.
Большую часть дня собеседовали кандидатов на следующий год. Совсем блестящих не было, но некоторые довольно интересные. Вообще в JetBrains очень круто, каждый раз думаю, как хорошо быть хорошим программистом - можно найти место, где будут все условия для хорошей работы, и ты сможешь стать еще лучшим программистом. Богатые становятся богаче, а бедные беднее, всё как всегда.

01:26 

Про то, как все починилось

Давно ничего не писал - несколько дней провалились куда-то в темноту, на фоне надвигающейся депрессии и внутрисемейных сложностей. Но в итоге сегодня вроде тучи разошлись (тьфу-тьфу-тьфу), и можно спокойно посидеть в уголочке со своей работой.

Получил ответ из Сингапура, тезисы приняли, теперь осталось оплатить участие в конференции. Написал Стиву, если он даст денег, будет круто. Еще сегодня собирались группой по колоректальному раку, для которого я им в прошлом году дифэкспрессию считал. Там идея в сравнении экспрессии генов в двух клеточных линиях колоректального рака, одна из которых экспрессирует онкомаркер CEA, а другая нет. Планируют сделать драфт статьи в ближайшее время, надо для этого провести дополнительный анализ альтернативного сплайсинга - понять, насколько различается уровень не только генов, но и разных их изоформ. Выглядит несложно, надо в пятницу сесть и сделать.
Еще, кажется, наконец нашел для девок хорошую крутую дачу. В воскресенье поедем смотреть.

02:28 

Какой-то пустой день, практически ничего не сделал. Поспорил с Пашей, что подам "Мой первый грант" до вторника. Авантюра, но шансы есть.
В остальном всё как через мутное стекло, весь день способен только на самые простые, технические вещи - собрать статы по геному для статьи про Prochlorothrix, еще что-то подобное.
Надо выспаться.

03:04 

Сегодня весь день гуляли с мелкой в Сестрорецке. Там офигенно.



Вечером снова узнал про себя много нового. Буду думать, как теперь с этим жить.

02:05 

Бактерии, микроРНК, BEDtools и тараканы в голове

Странные ощущения, как будто после очередной встряски немного выбрался из болота, но куда двигаться дальше, совершенно непонятно. Кажется, нашел большого и жирного таракана в голове, с самого детства, который испортил жизнь и мне, и еще целому ряду людей. Мировоззренческий кризис детектед.
По работе для Prochlorothrix в итоге досчитался COG на том сайте, осталось еще пару статистик по геному и можно публиковать. Для Gluconacetobacter выровнял геном на ближайший собранный, получил псевдохромосому, но целая куча контигов осталась незамапленной. Некоторые из них пробластил - типично бактериальные, скорее всего, какие-то плазмиды. Не очень понятно, что с этим делать - видимо, депонировать "псевдохромосому" и приложенную к ней кучу оставшихся контигов. Или просто выложить все контиги кучей, а "псевдохромосому" использовать для рисования карт.
У нас в гостях Марк Дикенс из UCSC, у него клёвый фотик. Спрашивал, что я делаю, рассказал ему про панголинов - они с Ксюшей попробуют их выровнять, взяв корову внешней группой, тогда можно будет реконструировать последовательность общего предка и понять, какой из двух видов более продвинут.
Вечером пытался освоить bedtools для проекта Инны по сибасу - ей интересно посмотреть на микроРНК, которые вроде как отвечают за контроль пола, на какие именно гены они садятся. Исходный GFF битый, пришлось искать другой, запустил пересечение на ночь. Надеюсь, завтра мы всё узнаем.

02:03 

Поставил считаться обогащение по различным кластерам ортологов для статьи по цианобактерии. Предлагают все делать ручками через хитрый бласт - очень лень, так что пока закинул все белки в онлайновый тул (weizhong-lab.ucsd.edu/), подождем, что он насчитает. Собрал заново глюконацетобактер, искал ближайший полный геном для референса, потерялся и не успел в итоге. Завтра найду, поставлю выравниваться.
Ходили получать электронные пропуска, было странно, примерно так:
instagram.com/p/4RfIO-AqqM/?taken-by=mrayko

Еще по дороге забрал ЭГК с расшифровкой (пара симптомов, но все - варианты нормы), и дочитал "Дивный новый мир" для read_classic_ru. Круче всего, конечно, начало автороского предисловия - мол, всем известно, что если сделал плохо, бесполезно переживать, надо извиниться, исправить по мере возможности и жить дальше. Вот прям про меня. Интересно, что они выберут дальше.
Вечером приходила мама гулять с мелкой, пока Анька была на вождении, а я на танцах. На танго учили первую полноценную связку - salida, довольно крутая штука, под конец даже начала хорошо получаться. Запомнить для себя - все время держать корпус в тонусе, и переносить вес через верх.
Завтра надо написать тёте-психологу и наконец начать нормально писать статью, чтобы хотя бы две бактериальные успели выйти к концу лета. И мой первый грант, да.

00:09 

Сегодня отправил предварительный отчет по транскриптому Tussilago. Получается довольно логично, даже при нашем недостатке данных - в трихомах работают гены халкон синтазы и халкон-флавонон изомеразы, которые фигачат флавоноиды. Мы, правда, искали лактоны в первую очередь, но их там нет и по данным масс-спектроскопии, так что, может быть, их там вообще на самом деле нет. В общем, тоже результат, для отчета по гранту пойдет. В листьях по сравнению с трихомами в полный рост оверэкспрессированны хлоропластные гены типа рубиско. Не rocket science, конечно, но пять тысяч новых генов тоже ничего.
Дома всё по-прежнему непонятно. Нужен хороший семейный психолог, пока никто никого не убил.

01:13 

День, которого лучше бы не было

Все началось с того, что с утра сильно поругались с Анькой, Полика очень обиделась, и Лёшка решил от всех от нас взять тайм-аут. В итоге большая часть дня прошла в состоянии легкого охренения. Из остального - съездил в Сады посмотреть на Сашкину дачу, на предмет отправить туда девок на июль (горячей воды нет, туалет во дворе, дача советская типичная одна штука), помог Ю. поискать потерянный в Копенгагене багаж (пока безуспешно, надо поглядывать трекер периодически). В общем, ну его нафиг такоё всё, хоть разводись.
Ну и работа с учебой тоже по нулям, конечно же.

01:51 

Круглые карты, снова транскриптом и немного лингвистики

Сегодня утром закончил карту для прохлоротрикса - слил контиги в один, переаннотировал RASTом, запихнул в CGview. Получилось красивенько:



Добавил инфу по анализу, отправил. Если все срастется, будет статья. Еще пара таких же, и есть шансы на продление постдока еще на год.

Съездил в ИЛИ, послушал доклад Полины про тувинский язык. Довольно круто, может быть прикольная статья и даже диссер, если еще сравнительные штуки приплести, из турецкого и всяких сибирских языков.

Дальше в лабе снова пилил дифэкспрессию для мать-и-мачехи. После очистки от рРНК ушли не все риды, к сожалению, но с этим уже ничего не сделать, по крайней мере пока. По предварительным прикидкам получается интересно, в железистых трихомах по сравнению с листьями активно работает халкон-синтаза и энхансер производства флавоноидов CmEFP. Более точно будет понятно, когда наконец мы получим аннотацию генов. Кстати, интересно может быть попробовать мапить не на мРНК, а на белки - надо почитать, делают ли так. В случае полицистронной транскрипции это может сильно повлиять на результат. Еще в обе стороны вылезает рибосомалка, от которой так и не удалось избавиться - может быть, в случае белков это тоже поможет.

Посоветовался с Андреем насчет панголинов - надо сделать реконструкцию предкового генома в PAML и сравнить, кто из наших двух ребят более продвинут. По идее, по соображениям филогеографии самым прошаренным должен быть малайский, он ушел дальше от центра зарождения, но это ничего не значит, давление среды могло меняться везде. Проверим и посмотрим. Еще надо отдельно посмотреть митохондриалки всех панголинов, в качестве дополнительного свидетельства.

Лёша нашел крутую штуку в геноме белой акулы, но это пока NDA.

Вечером на самокатах докатили до Спортивной, поймали Полинку и успели посмотреть на Ю., которая завтра сваливает до августа. Или до насовсем, как сложится.
Еще получил 10й уровень в Хабите, долго думал, кем быть. Воином тупо, вор в партии уже есть.. Клирик - это наше всё, конечно, но это было давно, и я уже давно не тот человек. Посмотрим, на что похожи местные маги.

02:43 

Джеймс Уотсон и дифэкспрессия

С утра отволокли с Полинкой мешок вещей со вчерашней шмоткопати в котейнер "Спасибо".
Дальше поехал в универ (в ВШМ) на встречу Уотсона с молодыми, блин, учеными. Динозавр такой серьезный, молодец - как обычно, выдавал свои шовинистические комментарии и уроки жизни. Потом ребята сказали, что был следующий комментарии из Астразенеки:
"oh is it the guy whole stole credit for DNA structure from Rosalind Franklin?"
;)

Потом в лабе усиленно доделывал дифэкспрессию. Получилось найти штук двадцать генов, которые работают по разному в трихомах и листьях, причем первым же выпал CHSY_CALCH (Chalcone synthase), который по идее играет какую-то роль в синтезе метаболитов. Надо спрашивать у Муравник и Шеварды, они должны знать. Плохой новостью оказалось то, что многие из них не определяются в blastp, по результатам blastx оказываются чем-то совсем далёким, а при бласте вручную выясняется, что это короткие куски рРНК, которые отлично мапятся на рРНК подсолнечника, как самого близкого. Т.е. у нас много рРНК в пробах, от которой надо избавляться. То ли потому что я РНКазу не добавлял нормально, то ли праймеры олигоТ сели неспецифично, но факт остается фактом. В итоге замапил все библиотеки на рибосомалку подсолнуха - из первой почти ничего не ушло, из второй ушло 30% данных. На очищенных данных поставил заново собираться rnaSPAdes, может оказаться интереснее. Но в любом случае нужно больше золота.
Параллельно искал, чем можно рисовать карту генома для бактерии. Перепробовал несколько штук, всем нужны хитрые gff и конкатенировать драфтовые геномы в один, родные ncbi-ные не подходят (CGView и т.п.). В итоге нашел онлайновый GView (server.gview.ca), которому достаточно простого gbk, чтобы все нормально отрисовать. Пока работает, утром посмотрим, что получилось.
Еще сегодня ходили обедать с Инной из Сингапура, на которую Лёша работает. Она сейчас в Гонконге, рассказывала, как у них все забавно организовано и как Китай хочет собрать обратно по-хорошему все свои спорные территории, и еще ведет экспансию в Африку. Есть тема вписаться в их статью по геному сибаса, если сделать для них дифэкспрессию микроРНК у самцов и самок и посмотреть отличия. Попробуем завтра обсудить и что-нибудь с этим сделать, благо библиотеки нужные все есть.

00:58 

Собеседования и продолжение возни с транскриптомом

Сегодня (в среду, пишу ретроспективно) был в ИБ, собеседовали студентов на поток биологов на следующий год. Одна девочка ни о чем, потом два совершенно офигенных мальчика - один врач-микробиолог, другой - второкурсник с кафедры генетики, оба знают дохрена и хоть сейчас в космодесант. И еще пара человек, которые совсем не по адресу. За одного из них обидно - технически все знает и умеет, но совершенно инфантилен и все у него кругом виноваты, хотя возможностей вокруг море. Не наш клиент, увы, это скорее к психологу.
Дальше долго сидел в JetBrains, фигачил транскриптом. Настроил параметры для дифэкспрессии, оказалось, что лучше всего работать с результатами rnaSPAdes, по отдельности собирается хуже.
Посчитал обогащение, задолбался, пошел бродить.
Вечером пришел к завершению шмоткопати, сделал еду и засел в углу доделывать. В итоге получил данные дифэкспрессии с edgeR, теперь надо посмотреть, что куда упало. Но это завтра, а пока я сам падаю спать.

04:17 

Transcriptome day

Сегодня с утра собеседовали в ИБ на следующий год в поток биологов очень крутую девочку, которая ушла с журфака универа, поступила на биофак и сейчас на втором курсе. Работает с информацией и владеет материалом так, как немногие аспиранты умеют. Можно было брать без собеседования, очень здорово.
Потом сидел работал в JetBrains у большого окна во всю стену - оказывается, так работается не в пример лучше. Пытался разобраться с транскриптомом. Пока что rnaSPAdes собрал лучше, чем Trinity, по крайней мере судя по CEGMA. Добежала отдельная сборка по разным тканям, поставил считаться CEGMA на образец из листьев. В итоге упал, не добежав - нужны хитрые пути к genewise. Но, судя по статам, по отдельности собралось гораздо хуже, чем вместе, так что будем действовать по изначальному плану - собрать транскриптом из всех ридов вместе, а потом мапить на него отдельно риды для разных тканей и сравнивать обогащение. Заодно почитал статью про BUSCO, это новая версия CEGMA со специфическими наборами генов для разных групп организмов, обещают более точную оценку и быструю работу. Наконец-то поставил галку в хабите в пункте "читать >0 статей в день".
Настроил на маке Trinotate и Transdecoder, получил набор потенциальных белков. Запустил функциональную аннотацию с бластом, будет долго бежать. Пока бежит, решил глазами посмотреть самый длинный контиг - он оказался длиной адские 68 килобаз. Бластится на митохондриальную ДНК подсолнечника, с кучей генов в середине. Интересно и непонятно.
Приехал на Средний, сходили с Полинкой и Лёшей обедать, обсуждали вчерашний пост про депрессию и биполярное расстройство на хабре. Сошлись на том, что котикам нужен хороший пастух, желательно с психологической вышкой.
В Доби поговорил с Сережей и Синдбадом, почитал интернеты - оказывается, у растений в митохондриях может быть полицистронная транскрипция, как у бактерий, и еще куча интронов I и II рода. Я про них же писал в диссере, совсем забыл. Если покрутить эти наши митохондриалки, может быть интересно с точки зрения эволюции этого дела. И отдать Лёше на растерзание, потому что это те же самые повторы по сути. Скачал крутой обзор на почитать в метро, про растительную мтДНК.
Вечером добрался на очередное занятие по танго в "Хрустальный Дракон". Учусь ходить, теперь и назад.
К ночи добежала первая часть аннотации, blastx. Навскидку большая часть транскриптов определена как arabidopsis или nicotiana, что не может не радовать - по крайней мере мы секвенировали растение, а не контаминант.
А мелкой тем временем стукнуло восемь месяцев. По этому случаю она решила лечь спать пораньше и дать всем родителям спокойно посмотреть кино, что было очень мило с ее стороны.

01:41 

Вернулся из Николы-Ленивца, куда мотался на выходных. Там было клево. Примерно так:



На работе сегодня психанул и написал тезисы в Сингапур на PAG 2015 (intlpagasia.org/). Если возьмут, надо будет выбить из Стива деньги и ехать.
Потом пытался допилить статью по бактериям. Получается медленно, но до конца недели шансы есть.
Говорил по скайпу с Choo Siew Woh, главным у малайцев - надо писать драфт статьи, чтобы закончить до осени.

Вечером смотрели адский трэш с Шарлоттой Гейнсбур, "Джеки в царстве женщин" - очередная вариация на тему Золушки, с тоталитарным обществом, кашепроводом в каждый дом и советскими уазиками. Штука на любителя, но очень крутая. Но очень на любителя.

02:31 

Танго и провал тайм-менеджмента

Весь день тупил в лабе, пытался дождаться Стива на пару слов - он вернулся в Питер на один день, и завтра улетает до августа. Но не получилось, он занят проектом "1000 русских геномов", и все остальное сейчас не в приоритете. Так что придется писать тезисы в Сингапур и уже по почте выбивать из Стива деньги на билеты.
Вечером оставили мелкую с родителями и сходили с Анькой в "Хрустальный дракон" на первое занятие интенсива по танго. Выглядит забавно, надо еще походить, чтобы распробовать.
Почистил и поставил собираться транскриптом мать-и-мачехи. Очень интересно, что получится. Нужны гены сесквитерпеназ. Очень нужны.

02:25 

Микробиологи и супчик

Сегодня ходил в гости на кафедру микробиологии. АА рассказывала о перспективах работы, в перерывах между ее тирадами удалось все-таки узнать, что ей от меня нужно для оформления патента, а заодно и выяснить необходимые морфологические характеристики нашего штамма. По идее, теперь все данные у меня есть, и я поспорил с Лёшей К., что до конца недели допишу статью в SIGS. Если получится, это будет моя первая статья в Доби, первая статья, где я первый автор, и первая статья с импактом больше двух (во исполнение условий контракта). Причем почти весь материал для нее я получил в первый месяц работы здесь. Фу быть таким прокрастинатором.
Потом поймал Лёшу и прекрасных женщин, и пошли к узбекам. По ходу выясняли планы на лето и возможность рвануть в августе на Байкал. По ходу, Полина собирается с нами, и потом из Иркутска сразу летит в Гуанчжоу - в экспедицию по Китаю и Вьетнаму со своим папой, в которую я не вписался, потому что протупил. Фу быть таким прокрастинатором №2.
Еще сегодня получил данные по транскриптому мать-и-мачехи. Надо собрать на сервере с помощью Trinity и отдать ребятам на rnaSPAdes, посмотреть, кто лучше справится. Так и чешутся руки сразу этим заняться - все-таки мой проект во многом, и собственноручно выделенная РНК, очень стремно. Но надо взять себя в руки и делать не то, что хочется, а то, что надо. Так что пока быстренько глянул их FastQC и закинул на сервер - завтра почищу и соберу.
Вечером гуляли с мелкой в Удельном парке до полного изумления, пока Анька пересаживала километры травы и варила крутейший супчик. Мелкая с упоением хватала ветки и листья, и пырилась в огромный мир.
Приходил Сайленсер, немножко поиграли, дождались Лёшку и посмотрели последнюю серию "Космоса" Сагана. Господи, какой же он крутой. Я фанат, просто готов подписаться под каждым его словом. Никогда не читал и не слышал ничего, что так хорошо ложилось бы на собственные представления о мире. Появляется какое-то ощущение собственной идентичности, и я перестаю дергаться на тему "что я, кто я, зачем я". Смысл жизни на блюдечке. Рационально мыслить, проверять гипотезы, не принимать ничего на веру, и при этом не бояться действовать. Жизнь как высшая ценность, знание как высшее благо. Саган, Фейнман, Поппер, Рассел - ребята, вы очень крутые, я хочу быть достойным тех идей, которые вы нам оставили.

02:47 

Уфффф... Сегодня получил ответ от Клауса, в котором он меня поздравил с предложенной позицией, и сказал, что даст все нужные рекомендации. Вечером собрался с духом и таки отправил Павлу CV и адреса всех тех, кто может дать рекомендации. Посмотрим, что из этого всего получится.
Днем в Сосновке жарили сосиски и пугали прохожих песнями Башни, Калугина и Медведева, а также всяким ролевым фольклором в исполнении Сайленсера. По этому поводу мелкая на радостях наелась земли и ползала довольная. Здоровее будет, чё.
Начал грызть следующие два курса, "Воспроизводимые исследования" и "Статистический вывод". Конечно, все домашки в последний день, клятвенно обещаю себе посмотреть все лекции в начале следующей недели, но что-то очень сомневаюсь. Причем статистический курс очень крутой, там, судя по заданиям, в первую же неделю дают весь базовый аппарат статистики, включая байесовский подход. Мне уже стремно, но попробую не дропнуться.

01:52 

Зубробизоны

За сегодняшний день не узнал ничего нового. Зато съездили всем семейством в Токсово посмотреть на зубров. Зубры велики, могучи и ленивы. Лежат на солнце у забора, великодушно позволяя прохожим чесать им спину и счищать прошлогоднюю шерсть.
Вечером поругались с Анькой, ушел гулять на Долгое Озеро. Его постепенно приводят в порядок, пустырь вокруг превращают в парк. Там стоит красивая крытая сцена с подведенным электричеством, так что, если заморочиться и офигеть, можно устраивать спонтанные концерты и сейшены (хотя кому это нужно в нашей-то глуши..).
В ночи дописал CV, спросил у Клауса разрешения указать его адрес для рекомендаций. Если ответит, то завтра можно будет всё это отправить Павлу и держать пальцы, чтобы все каким-то образом в какую-нибудь из сторон разрешилось. А то я тут опять начинаю не знать, что я хочу, непорядок.
Да, еще урывками в перерывах между жизнью читаю "Укротители лимфоцитов" - рассказы девочки, которая работает в отделении иммуногенетики в одной из клиник в Праге, типирует HLA и пишет отличные зарисовки из их лабораторной жизни.

01:47 

Утром сходил в Первый Мед на обследование, чтобы сдавать тромбоциты в пятницу. По обратной дороге заглянул к нотариусу, оформил согласие на вывоз мелкой - теперь, если что, Анька с Женькой два года могут ныкаться от меня по всему Шенгену.
Дальше поехал в лабу, тупил неимоверно, как водится. Настроил TexMaker, но ситуацию это не спасло - видимо, придется всё делать ручками. Позвонили из меда - тромбоциты на нижней границе, медотвод, попробуем через месяц. Это некруто, потому что денег нет почти совсем, но не смертельно.
Написал наконец пост про мелкую, который собирался написать уже несколько месяцев тому. Вроде ничего такого, но как-то ощущение незаконченного дела очень мешало жить. Теперь вроде проще (хотя сколько еще такого недописанного лежит в голове...)
Теперь готовлю статью по Gluconacetobacter, который я сделал полтора года назад и до сих пор не дошли руки опубликовать. Если не затуплю, завтра можно будет доделать черновик, показать коллегам-микробиологам, закрыть очередной гештальт и вздохнуть чуть посвободнее.
Пытался искать дачу для мелкой и Аньки на лето. Олег предложил свою в Васкелово, но там нет горячей воды и холодильника, что довольно стремно. Внезапно Полинка подкинула идею поискать домик в Нарва-Йыэсуу (в Усть-Нарве, проще говоря). Оказывается, в Эстонии все очень дешево, чисто и аккуратно, недалеко от границы и вообще довольно интересный вариант. Если с визой вопрос решим, то это может быть хорошо.

дыбр

главная