• ↓
  • ↑
  • ⇑
 
23:10 

Скоро будем голодать

Сегодня тоже какой-то пустой день. Забрал паспорта Аньки и мелкой, им дали финские мультивизы на два года. Почти закончил аннотацию транскриптов для мать-и-мачехи, загрузил их в sqlite-базу. Договорился о печати тезисов на миниконференции - "Свое издательство" очень крутое.
Потупили с Элей на тему проектов на летней школе. Есть тема дать ребятам собрать дрожжи и поискать там последовательности "винного кластера" или еще каких-нибудь интересных генов.
Внезапно словил приступ паники на тему того, что уже июль, в конце августа заканчивается срок моего постдока, а статьи еще не вышли, и даже не поданы. Надо собраться с мыслями, сконцентрироваться и наконец дописать всю эту кучу материала, которая у меня лежит в почти готовом виде. Шансов мало, но пробовать надо. Не успею - буду питаться человечиной из мусорников.

01:26 

Про то, как все починилось

Давно ничего не писал - несколько дней провалились куда-то в темноту, на фоне надвигающейся депрессии и внутрисемейных сложностей. Но в итоге сегодня вроде тучи разошлись (тьфу-тьфу-тьфу), и можно спокойно посидеть в уголочке со своей работой.

Получил ответ из Сингапура, тезисы приняли, теперь осталось оплатить участие в конференции. Написал Стиву, если он даст денег, будет круто. Еще сегодня собирались группой по колоректальному раку, для которого я им в прошлом году дифэкспрессию считал. Там идея в сравнении экспрессии генов в двух клеточных линиях колоректального рака, одна из которых экспрессирует онкомаркер CEA, а другая нет. Планируют сделать драфт статьи в ближайшее время, надо для этого провести дополнительный анализ альтернативного сплайсинга - понять, насколько различается уровень не только генов, но и разных их изоформ. Выглядит несложно, надо в пятницу сесть и сделать.
Еще, кажется, наконец нашел для девок хорошую крутую дачу. В воскресенье поедем смотреть.

01:51 

Круглые карты, снова транскриптом и немного лингвистики

Сегодня утром закончил карту для прохлоротрикса - слил контиги в один, переаннотировал RASTом, запихнул в CGview. Получилось красивенько:



Добавил инфу по анализу, отправил. Если все срастется, будет статья. Еще пара таких же, и есть шансы на продление постдока еще на год.

Съездил в ИЛИ, послушал доклад Полины про тувинский язык. Довольно круто, может быть прикольная статья и даже диссер, если еще сравнительные штуки приплести, из турецкого и всяких сибирских языков.

Дальше в лабе снова пилил дифэкспрессию для мать-и-мачехи. После очистки от рРНК ушли не все риды, к сожалению, но с этим уже ничего не сделать, по крайней мере пока. По предварительным прикидкам получается интересно, в железистых трихомах по сравнению с листьями активно работает халкон-синтаза и энхансер производства флавоноидов CmEFP. Более точно будет понятно, когда наконец мы получим аннотацию генов. Кстати, интересно может быть попробовать мапить не на мРНК, а на белки - надо почитать, делают ли так. В случае полицистронной транскрипции это может сильно повлиять на результат. Еще в обе стороны вылезает рибосомалка, от которой так и не удалось избавиться - может быть, в случае белков это тоже поможет.

Посоветовался с Андреем насчет панголинов - надо сделать реконструкцию предкового генома в PAML и сравнить, кто из наших двух ребят более продвинут. По идее, по соображениям филогеографии самым прошаренным должен быть малайский, он ушел дальше от центра зарождения, но это ничего не значит, давление среды могло меняться везде. Проверим и посмотрим. Еще надо отдельно посмотреть митохондриалки всех панголинов, в качестве дополнительного свидетельства.

Лёша нашел крутую штуку в геноме белой акулы, но это пока NDA.

Вечером на самокатах докатили до Спортивной, поймали Полинку и успели посмотреть на Ю., которая завтра сваливает до августа. Или до насовсем, как сложится.
Еще получил 10й уровень в Хабите, долго думал, кем быть. Воином тупо, вор в партии уже есть.. Клирик - это наше всё, конечно, но это было давно, и я уже давно не тот человек. Посмотрим, на что похожи местные маги.

00:34 

Два дня к вечеру падал без сил, так что записи пропущены и вся партия в хабите получила кучу дамаги. Продолжаем разговор.

Сегодня вернулся Лёша Комиссаров, так что все снова завертелось. Набросали план аннотации для геномов беспозвоночных. По сути, все то же самое, но есть ряд особых биологических вопросов - надо смотреть наборы генов, отвечающие за определенные признаки, по Gene Onthology. Там все довольно странно должно быть с генными семействами, не так, как у всех.
Список основных статей лежит здесь - www.evernote.com/shard/s302/sh/7662ed16-f6b6-47.... Надо будет собраться и просмотреть, по крайней мере cornerstone papers.
Получилось синтезировать двуцепочечную кДНК для мать-и-мачехи. Концентрация маленькая, 0.5 нг/мкл, но по идее должно хватить. Надо будет завтра еще почистить и переосадить, может, получше будет. Если повезет, это будут основные данные по проекту из БИНа с сесквитерпеновыми лактонами, можно будет посмотреть дифэкспрессию и наконец-то развязаться со всем этим.
Пытался отрисовать картинки к своей статье по диссеру, которую Коля пинает дописать. FigTree почему-то тупит и не позволяет переукоренить деревья, надо будет загрузить в R и сделать всё по уму.
Спросил Лёшу и Андрея по поводу окситоцина - оказывается, была недавно статья в Nature или в Science, никто не помнит, где точно, про то, что у собак то ли увеличена экспрессия, то ли копийность генов синтеза окситоцина, и это связано с доместикацией. И по идее это можно смотреть у всех животных, которых можно одомашнить, в том числе и у нерпы.

00:17 

Желание уйти мыть кастрюли крепнет день ото дня.
Сегодня утром тупил дома с мелкой, ждал возвращения Ф. с вождения. Потом в лабу на семинар, ребята из ВНИИСХМ рассказывали про свои азотфиксирующие бактерии, которые они изучают на вавиловии. Вроде довольно интересно, но видно, что для ребят эта область новая, и некоторые результаты довольно стремные. Хорошо работать с бактериями, они могут позволить себе секвенировать за раз сразу целую кучу штаммов. Еще у них забавная идея по определению горизонтального переноса путем сравнения кучи деревьев, каждое из которых построено по одному гену - и на основе попарных расстояний между этими деревьями уже строится дерево деревьев, точнее, кластеризация генов по их эволюционному паттерну.
По идее, можно с ними вписаться в коллаборацию, там есть что улучшать, хотя бы в области этих самых супердеревьев. Но как-то мне, кажется, текущих проектов и так хватает выше головы. Странное ощущение, что я не знаю чем заняться, и при этом ничего не успеваю.
Гайк подсказал почитать про поиск ERV в паре статей, где это подробно описано. Но, по ходу, это не особо перспективно - даже если они найдутся, непонятно, что это нам даст.

02:22 

Пасмурно, день накануне.

Вчера пришел домой и упал спать, не успев ничего сюда написать - в итоге получил закономерный минус по хитам в Habit и минус в карму от всей команды. Хотя было довольно много всего - ходили в Ботсад с Анькой, мелкой и еще кучей народу смотреть на сакуру. Кажется, в этот день половина города развлекалась тем же. Потом добрался до лабы, из полезного успел только поставить считаться SAM-файл со всеми библиотеками для нерпы, чтобы таки растянуть ее с помощью RACA на кошачьи хромосомы. Да, с утра еще в первый мед на обследование для очередной сдачи тромбоцитов, вечером - за справкой к инфекционисту на Ленинский. Заодно зашел к родителям, показал отцу, как в вк фоточки заливать.

Сегодня с утра сдавал тромбоциты - в этот раз, видимо, удачно вкололи, забор почти не останавливался. И мне по-прежнему скучно час лежать и ничего не делать. Доктор, что со мной не так?
По обратной дороге зашел постричься, теперь у меня есть любимый мастер совсем рядом с домом. Потусили с мелкой, поговорил с Джуном Лиангом из малайской команды про их транскриптомную статью. Они хотят ее улучшить, готовы принять в соавторы. Но это сложно, там у них в статье куча данных и никакой истории. Например, по всем ортологам построили филогению, а получилось дерево, которое уже и так известно. Сравнили транскриптомы из разных органов - а в итоге экспрессия почти везде одинаковая. Показали, что есть обогащение по генам, отвечающим за стресс - но у них было одно животное, беременная самка, причем уже умирающая (живого здорового панголина никто забить не даст, конечно). Так что data-driven research не получается, если что-нибудь крутое срочно не придумать. Клаус сказал то же самое - мол, лучше даже не пытаться, а подключить это к геномной статье, а то будет "salami-paper", когда каждый кусок данных пытаются опубликовать отдельно и получается куча лишенских статей в мурзилках с низким импактом.
На обед вытащил Полину к узбекам, она рассказала, что ее папа зовет ее в Китай в конце лета на неделю. Оказывается, можно вписаться и поехать с ними. Надо подумать, отпустят ли меня домашние и сколько это будет стоить.

Виделся с Олей, говорили про разное. Кажется, у меня где-то нашлась заначка вселенского спокойствия. Надо будет не забыть, где она лежит, и пользоваться при случае.
Вечером отвез Полинке чехол для велика для их завтрашнего похода и аккум. В ночи, пока мелкая спала, Анька показала нам с Лёшкой "Фриду", в рамках подготовки к ЧС. Отличнейший фильм, очень крутой и красивый. Я б так жил - интересно, что мешает?

03:49 

Дождь идет стеной, дождь идет весь день

По ходу, организм после очередного отбоя в три часа ночи сказал "хозяин, ты совсем офигел" и вырубился до одиннадцати утра. ЧСХ, я же даже в Хабите завел привычку не ложиться после часа ночи. Но я ее завел как пряник, а не как кнут (сделал - получил экспу, не сделал - ничего не будет), и, по ходу, это не работает.
Внезапно осознал, что уезжать уже послезавтра, а рюкзак не собран, велик не смазан, и вообще паника-паника. И непонятно, в каком составе мы едем, так как Ксюша внезапно сорвалась в Непал - она там провела много времени, помогала строить школу, ну и вообще. Все правильно сделала, в общем.
В лабе Клаус меня поймал с новой идеей про нерпу. Она в Байкале питается практически исключительно голомянкой (он долго пытался выговорить это слово). Голомянка живет глубоко, нерпе надо за ней нырять и где-то там ее искать в полной темноте, практически наощупь. Так что имеет смысл посмотреть, что у нее с сенсорами - генами, отвечающими за зрение, запах, вот это всё. Они должны быть развиты гораздо больше, чем у их наземных родственников.
Дальше встретил Ю., пробежались по Острову на тему ее будущей игры для школьников, потом через пробки домой, отпустить Аньку на танцы. Приходила в гости Тролленок за ноутом на первые майские, была немедленно закаваена Женькой. Дальше вернулись Анька и Сайленсер, устроили локальный magic dance из "Лабиринта", потом пришло время нанести визит дружбы к соседям снизу, которых мы давеча залили цементом. Милые ребята, мальчик-инженер и девочка-экономист. Попили чаю с тортиком, договорились больше никого ничем не заливать. Показали нам адский апгрейд для велика - набор с Ebay, который превращает его в реальный мопед. Правда, говорят, не очень удобный, лучше заказывать электрический - тихо, экологично, можно заряжать по ходу, крутя педали.
Потом засмотрели очередную серию Сагана - в этот раз про Край Вечности. Все-таки он офигенный, я фанат. Рассказывал про Флатландию и черные дыры, показывал модельку тессеракта и индийские храмы. И трехмерный объект, по форме напоминающий яблоко, который очень расстроен тем, что его приняли за психическое заболевание.
Пообещал Сайленсеру заказать для него наборчик 23andMe, пообнимал Аньку, перевел наконец на русский тот кусок заявки про ботву. Теперь можно со спокойной совестью поставить галку в Хабите и идти спать.

03:07 

Вражеские ворота там, где Роулинг

Продолжаю грызть HPmor - в любом удобном месте, в метро, на эскалаторе, в маршрутке, даже просто идя по улице. Когда же он закончится?
С утра был эпик фэйл - поехал на Красного Текстильщика за заграном мелкой, и уже на месте обнаружил, что забыл ее свидетельство о рождении дома. Придется Аньке забирать, когда она пойдет за своим паспортом. Потом поехал в лабу, тупил, делал вид, что работаю. Просмотрел и отредактировал проект Владимира по Boechera, осталось поправить язык и сделать русскую версию - за два дня должны уложиться. Послушал рассказы Клауса о чудных карьерных перспективах в Штатах, включая возможность пользоваться кластером в Оак-Ридж. Показал ему хромосомные карты для нерпы, тот подтвердил историю с перестройками у собак и разницу в филогении по генам и по перестройкам, одобрил идею запускать RACA на кошке и человеке. Посоветовал обратиться к Kerstin Lindblad-Toh из Броада, которая сейчас работает в Упсале и собирает данные для 200 или что-то вроде геномов, чтобы сделать новую версию Evolutionary Constrained Elements (апгрейд их статьи www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3207357/). Хорошая сборка моржа на NCBI - это их данные, и они могут помочь в обработке. Заодно прислал нам статьи про новый метод Hi-C, который ребята из Швейцарии как раз хотят опробовать на Boechera.
Потом встречался с добрым человеком Риткой, получил давно обещанное морошковое варенье и ништяк из Ебурга, увидел крутую мозаичную икону Петрова-Водкина на бывшем здании института Вредена на Горьковской. Офигенное ар-нуво, смотрел бы и смотрел.
Потом домой, подхватил Аньку, встретили Сайленсера с Вил и пошли смотреть новых "Мстителей". Если не включать мозг, то даже неплохо, но это не так просто. Халк страдать.
В ночи сделал последний квиз по G&CD, оценил работы, пришедшие на peer review. Кажется, с этим курсом всё - через неделю узнаю оценки, но вроде есть шансы на полный балл.

20:06 

Дыбр, 16.04.15

Заканчиваем ремонт. Сегодня, надеюсь, последний день с пустым коридором и кухней, покрытыми свежим цементом. Завтра придет восточный мужчина Серик и, по его словам, наконец-то положит подложку и ламинат, и можно будет жить нормально.
Добежало выравнивание цианобактерии на референс, в этот раз без ошибок - проверил с UniVec на наличие адаптеров, ничего не нашлось. Отправил в NCBI и подтверждение Наташе Величко. Она попросила проаннотировать, засунул новую сборку в RAST. К середине дня добежало, отправил ей.
Пошел подавать на визу. По дороге слушал Exploratory Data Analysis, третий курс из трека Data Science на курсере. С огорчением увидел, что, оказывается, уже идет вторая неделя, а к концу первой нужно было не только пройти тест, но и запостить ответы на первое практическое задание. Так что, видимо, не надо тратить время сейчас, и надо будет пройти его уже на следующий запуск - я все-таки хочу пройти все курсы этого трека на 100%. Так что в этом месяце надо пройти Getting and Cleaning Data и Reproducible research (первый у меня уже почти сделан, надо допилить практику до воскресенья). С визой меня развернули, так что надо думать, что еще можно сделать.
На работе отлично пообедали с Лёшей К. у наших соседей-узбеков. По дороге говорили про корпус русского языка - у Лёши есть вся флибуста, и теперь он развлекается тем, что пишет парсеры для нее. Уже умеет искать ближайшую книгу по спектру к-меров (точнее, униграмм - 1-мер из 1 слова).
Стив собирал staff meeting - он скоро уезжает, вернется только на майские. Велел не стесняться и говорить с ним, когда не знаешь что делать.
Внезапно оказалось, что у нас в лабе Денис Ларкин, проездом из Лондона. Пристали к нему с хромосомными картами для нерпы и панголина, подёргал Лёшу Макунина. Оказалось, что нерпа ближе к кошкам, чем к собакам, и на человека ее хромосомы похожи больше, чем на собачьи. Оказывается, у Canidae было много перестроек, и среди всех Caniformia самый предковый кариотип оказался у каменной куницы (Martes folia, Mustelidae) - похож на общий предковый для Caniformia и Feliformia.
sysbio.oxfordjournals.org/content/54/2/317/F5.m...
Интересно, что в статье про панголина тоже рекомендовали сравнивать его с кошкой и собакой через каменную куницу. Лёша прислал обзор по хромосомному пэйнтингу хищных, надо посмотреть.
Денис посоветовал запустить RACA нерпы на кошку, а как аутгруппу взять человека. Попробую скачать и запустить, там есть версия 2014 года.
Завтра пятница, надо с утра попробовать добраться до скалодрома. Потом на визу (если сегодня узнаю, что делать).
Сегодня дома надо не работать, учиться буду завтра. Пора начинать работать на работе, а дома жить спокойно. Осталось понять, как это делать, чтобы не повеситься.
Завтра надо понять, как распарсить функциональную аннотацию. Данные здесь:
sdobzhanskycenter.ru/storage1/akomissarov/genome...
Попробовать по GO по аналогии с гепардом, но не руками. И домашку от Андрея по филогеномике ещё. И тогда будет хорошо.

02:47 

Уфффф... Сегодня получил ответ от Клауса, в котором он меня поздравил с предложенной позицией, и сказал, что даст все нужные рекомендации. Вечером собрался с духом и таки отправил Павлу CV и адреса всех тех, кто может дать рекомендации. Посмотрим, что из этого всего получится.
Днем в Сосновке жарили сосиски и пугали прохожих песнями Башни, Калугина и Медведева, а также всяким ролевым фольклором в исполнении Сайленсера. По этому поводу мелкая на радостях наелась земли и ползала довольная. Здоровее будет, чё.
Начал грызть следующие два курса, "Воспроизводимые исследования" и "Статистический вывод". Конечно, все домашки в последний день, клятвенно обещаю себе посмотреть все лекции в начале следующей недели, но что-то очень сомневаюсь. Причем статистический курс очень крутой, там, судя по заданиям, в первую же неделю дают весь базовый аппарат статистики, включая байесовский подход. Мне уже стремно, но попробую не дропнуться.

01:52 

Зубробизоны

За сегодняшний день не узнал ничего нового. Зато съездили всем семейством в Токсово посмотреть на зубров. Зубры велики, могучи и ленивы. Лежат на солнце у забора, великодушно позволяя прохожим чесать им спину и счищать прошлогоднюю шерсть.
Вечером поругались с Анькой, ушел гулять на Долгое Озеро. Его постепенно приводят в порядок, пустырь вокруг превращают в парк. Там стоит красивая крытая сцена с подведенным электричеством, так что, если заморочиться и офигеть, можно устраивать спонтанные концерты и сейшены (хотя кому это нужно в нашей-то глуши..).
В ночи дописал CV, спросил у Клауса разрешения указать его адрес для рекомендаций. Если ответит, то завтра можно будет всё это отправить Павлу и держать пальцы, чтобы все каким-то образом в какую-нибудь из сторон разрешилось. А то я тут опять начинаю не знать, что я хочу, непорядок.
Да, еще урывками в перерывах между жизнью читаю "Укротители лимфоцитов" - рассказы девочки, которая работает в отделении иммуногенетики в одной из клиник в Праге, типирует HLA и пишет отличные зарисовки из их лабораторной жизни.

01:47 

Утром сходил в Первый Мед на обследование, чтобы сдавать тромбоциты в пятницу. По обратной дороге заглянул к нотариусу, оформил согласие на вывоз мелкой - теперь, если что, Анька с Женькой два года могут ныкаться от меня по всему Шенгену.
Дальше поехал в лабу, тупил неимоверно, как водится. Настроил TexMaker, но ситуацию это не спасло - видимо, придется всё делать ручками. Позвонили из меда - тромбоциты на нижней границе, медотвод, попробуем через месяц. Это некруто, потому что денег нет почти совсем, но не смертельно.
Написал наконец пост про мелкую, который собирался написать уже несколько месяцев тому. Вроде ничего такого, но как-то ощущение незаконченного дела очень мешало жить. Теперь вроде проще (хотя сколько еще такого недописанного лежит в голове...)
Теперь готовлю статью по Gluconacetobacter, который я сделал полтора года назад и до сих пор не дошли руки опубликовать. Если не затуплю, завтра можно будет доделать черновик, показать коллегам-микробиологам, закрыть очередной гештальт и вздохнуть чуть посвободнее.
Пытался искать дачу для мелкой и Аньки на лето. Олег предложил свою в Васкелово, но там нет горячей воды и холодильника, что довольно стремно. Внезапно Полинка подкинула идею поискать домик в Нарва-Йыэсуу (в Усть-Нарве, проще говоря). Оказывается, в Эстонии все очень дешево, чисто и аккуратно, недалеко от границы и вообще довольно интересный вариант. Если с визой вопрос решим, то это может быть хорошо.

16:03 

Прокрастинируя написание статей, осваивал ТеX. Получается с трудом, готовые шаблоны из Molecular Biology and Evolution не компилируются. Паника, не будет из меня хорошего ученого.

Лёша рассказал про алгоритм банкира, который, как и все хорошие алгоритмы, придумал Дийкстра. Помогает справляться с кучей задач при ограниченных ресурсах так, чтобы ни одна задача не вызывала обрушения системы. Лёша утверждает, что можно применять и при работе со многими проектами и дедлайнами сразу, и в случае полиамории. Помогает справляться и не сходить с ума. Единственное - необходимо правильно оценивать собственные ресурсы, а это не так просто.

01:34 

Сегодня утром Анька умотала сдавать экзамен в ГАИ, мы с Полинкой остались развлекать мелкую. Теорию сдала, площадку завалила, пересдача через неделю - все как у всех. Дождался ее домой, поехал в лабу. Сегодня Стив притащил к нам на семинар Barbara Jasny - зам. редактора Science. Тетка сама начинала как молекулярный биолог, рассказывала, как сейчас происходит отбор статей в журналы, и что такое reproducible research и каким он должен быть. Очень прикольно и мотивирующе, но по итогам не очень понятно, что нам со всем этим счастьем делать.
Как я и думал, сейчас для геномного проекта недостаточно просто данных - нужна история, какая-то гипотеза и фишка, делающая эти данные важными и особенными.
Больше за день ничего полезного не сделал - скомпилировал для Стива краткий отчет по панголину, отправил, попросил добро поехать на PAG ASIA 2015, чтобы потом к нашим малайцам в гости заехать. Еще есть неделя на подачу тезисов - если даст денег, можно будет смотаться.

00:43 

Ееееее, сегодня в Хабите победили Лаундромансера, всем выдали по клевому шлему +25 Int/Str. Долгий квест был, но мне понравилось, надо бы еще.
Сегодня в лабе был Джо Лопес, с которым мы в прошлом году пилили транскриптомы губок, обработанных нефтью и дисперсантом. Ходили с ним и с Лёшей обедать, тёрли за новый проект по геному мшанки, который мы начали анализировать, от Джейсона Квана из Винсконсина. Им там нужны будут всякие штуки для фармацевтики, а Джо интересна эволюция. Показал ему диссер Кейчика, он впечатлился - надо попробовать договориться в пятницу сводить его на ЗБП поговорить, вдруг они общий язык найдут.
Дальше он делал доклад у нас на семинаре. Рассказывал, как он дошел до жизни такой - сначала был у Стива постдоком, искал NUMTs в кошках (по ходу, он их первый описал нормально), а дальше ушел в ЗБП и теперь профессор в NOVA University и руководитель GIGA. У них там во Флориде круто, новый центр на берегу океана, с собственной мариной, все оборудовано как надо. В основном занимаются, что логично, рифами и их обитателями, в частности, последствиями разлива нефти в Deepwater Horizon.

Дальше тупил, пытался построить в R какие-то деревья к статье. Получается со скрипом, и теперь стою перед дилеммой - потратить кучу времени на то, чтобы таки разобраться и дальше легко делать красивые картинки, или плюнуть, взять картинку из FigTree, а аннотацию и рюшечки сделать в фотошопе. Еще немного помучаюсь пока.

Лёша почти собрал соню с помощью SOAPdenovo, k=64. Получилось лучше, чем у москвичей с CLC, размер генома 3.3 Gb. Но все равно непонятно, самый большой собранный контиг - это митохондриальная днк, 16 кб. Т.е. в любом участке генома длиннее 16 кб есть минимум один повтор длиннее 64 нуклеотидов. Это как-то маловероятно, так что надо искать, в чем была беда при секвенировании.

01:28 

Сб. Спасение пчел и отмена полетов

Сегодня вечером собирался поехать в Гостилицы на аэродором, полетать на мотодельтаплане - со дня рождения лежит подаренный сертификат, который надо реализовать. Но в середине дня позвонили и сказали, что сегодня полетов не будет по погодным условиям. Оно и понятно - с утра было норм, а днем поднялся ветер 20 м/с, туман, а за ним дождь.
Ушли гулять с мелкой и с Полинкой на Долгое озеро. Террикон рядом с озером постепенно превращают в парк, и даже поставили сцену. Сегодня на ней и около нее тусовалась толпа народа в пчелиных костюмах и черно-желтых плащах, которые, невзирая на моросящий дождь, пытались изображать безудержное веселье и собирали подписи в защиту пчел. Еще анонсировалось возведение Стены Защиты Пчел, но этого мы уже не застали. Судя по всему, за всем этим стоит секта Свидетелей Тенториума, которые пытаются захватить мир, начиная с нашего микрорайона.
Вечером знакомили мелкую с майкловским Котом. Поначалу Кот вообще не парсился как объект, но спустя полчаса система распознавания образов сработала, и Кот был заохочен и ухвачен за хвост, почти без последствий.

02:43 

Джеймс Уотсон и дифэкспрессия

С утра отволокли с Полинкой мешок вещей со вчерашней шмоткопати в котейнер "Спасибо".
Дальше поехал в универ (в ВШМ) на встречу Уотсона с молодыми, блин, учеными. Динозавр такой серьезный, молодец - как обычно, выдавал свои шовинистические комментарии и уроки жизни. Потом ребята сказали, что был следующий комментарии из Астразенеки:
"oh is it the guy whole stole credit for DNA structure from Rosalind Franklin?"
;)

Потом в лабе усиленно доделывал дифэкспрессию. Получилось найти штук двадцать генов, которые работают по разному в трихомах и листьях, причем первым же выпал CHSY_CALCH (Chalcone synthase), который по идее играет какую-то роль в синтезе метаболитов. Надо спрашивать у Муравник и Шеварды, они должны знать. Плохой новостью оказалось то, что многие из них не определяются в blastp, по результатам blastx оказываются чем-то совсем далёким, а при бласте вручную выясняется, что это короткие куски рРНК, которые отлично мапятся на рРНК подсолнечника, как самого близкого. Т.е. у нас много рРНК в пробах, от которой надо избавляться. То ли потому что я РНКазу не добавлял нормально, то ли праймеры олигоТ сели неспецифично, но факт остается фактом. В итоге замапил все библиотеки на рибосомалку подсолнуха - из первой почти ничего не ушло, из второй ушло 30% данных. На очищенных данных поставил заново собираться rnaSPAdes, может оказаться интереснее. Но в любом случае нужно больше золота.
Параллельно искал, чем можно рисовать карту генома для бактерии. Перепробовал несколько штук, всем нужны хитрые gff и конкатенировать драфтовые геномы в один, родные ncbi-ные не подходят (CGView и т.п.). В итоге нашел онлайновый GView (server.gview.ca), которому достаточно простого gbk, чтобы все нормально отрисовать. Пока работает, утром посмотрим, что получилось.
Еще сегодня ходили обедать с Инной из Сингапура, на которую Лёша работает. Она сейчас в Гонконге, рассказывала, как у них все забавно организовано и как Китай хочет собрать обратно по-хорошему все свои спорные территории, и еще ведет экспансию в Африку. Есть тема вписаться в их статью по геному сибаса, если сделать для них дифэкспрессию микроРНК у самцов и самок и посмотреть отличия. Попробуем завтра обсудить и что-нибудь с этим сделать, благо библиотеки нужные все есть.

01:20 

Пт.

Выспался впервые за последнюю неделю, спасибо доброй Полинке.
Перегнал велик домой, добыл у Юльки шмоток для мелкой.
Ответил Павел - говорит, можно начинать работать хоть сейчас, надо только решить вопрос с визой и оформлением. Черт, очень страшно. Непонятно, насколько большая будет ответственность, и что собственно делать - по ходу, там не только можно пилить задачи для курсеры, но и преподавать в магистерской программе по биоинформатике, быть ассистентом в весеннем семестре. Не знаю, сколько там при этом будет науки, и еще не спрашивал насчет денег. Очень сложно выбирать.
В лабе попробовал переосадить вчерашние пробы и снова проверить. У нас очень крутая техника, оказывается, есть - и центрифуги с охлаждением и роторами для плашек, и вакуумные сушилки, и еще много всего. Но кДНК все равно нет, будем переставлять с новым набором.
Получил предварительные данные по секвенированию ITS грибов из почвы, для Кати и Веры. Попытался запустить QIIME, вроде отработал, но на последней стадии завис. Завтра буду разбираться, что там случилось и кто там вообще есть в этих пробах.
С подачи Полинки читаю журнал очень крутой девочки - tropical-doc.livejournal.com/ Тоже так хочу. Где дают столько позитива? Отсыпьте мне немножко, пожалуйста..

02:25 

Микробиологи и супчик

Сегодня ходил в гости на кафедру микробиологии. АА рассказывала о перспективах работы, в перерывах между ее тирадами удалось все-таки узнать, что ей от меня нужно для оформления патента, а заодно и выяснить необходимые морфологические характеристики нашего штамма. По идее, теперь все данные у меня есть, и я поспорил с Лёшей К., что до конца недели допишу статью в SIGS. Если получится, это будет моя первая статья в Доби, первая статья, где я первый автор, и первая статья с импактом больше двух (во исполнение условий контракта). Причем почти весь материал для нее я получил в первый месяц работы здесь. Фу быть таким прокрастинатором.
Потом поймал Лёшу и прекрасных женщин, и пошли к узбекам. По ходу выясняли планы на лето и возможность рвануть в августе на Байкал. По ходу, Полина собирается с нами, и потом из Иркутска сразу летит в Гуанчжоу - в экспедицию по Китаю и Вьетнаму со своим папой, в которую я не вписался, потому что протупил. Фу быть таким прокрастинатором №2.
Еще сегодня получил данные по транскриптому мать-и-мачехи. Надо собрать на сервере с помощью Trinity и отдать ребятам на rnaSPAdes, посмотреть, кто лучше справится. Так и чешутся руки сразу этим заняться - все-таки мой проект во многом, и собственноручно выделенная РНК, очень стремно. Но надо взять себя в руки и делать не то, что хочется, а то, что надо. Так что пока быстренько глянул их FastQC и закинул на сервер - завтра почищу и соберу.
Вечером гуляли с мелкой в Удельном парке до полного изумления, пока Анька пересаживала километры травы и варила крутейший супчик. Мелкая с упоением хватала ветки и листья, и пырилась в огромный мир.
Приходил Сайленсер, немножко поиграли, дождались Лёшку и посмотрели последнюю серию "Космоса" Сагана. Господи, какой же он крутой. Я фанат, просто готов подписаться под каждым его словом. Никогда не читал и не слышал ничего, что так хорошо ложилось бы на собственные представления о мире. Появляется какое-то ощущение собственной идентичности, и я перестаю дергаться на тему "что я, кто я, зачем я". Смысл жизни на блюдечке. Рационально мыслить, проверять гипотезы, не принимать ничего на веру, и при этом не бояться действовать. Жизнь как высшая ценность, знание как высшее благо. Саган, Фейнман, Поппер, Рассел - ребята, вы очень крутые, я хочу быть достойным тех идей, которые вы нам оставили.

02:31 

Танго и провал тайм-менеджмента

Весь день тупил в лабе, пытался дождаться Стива на пару слов - он вернулся в Питер на один день, и завтра улетает до августа. Но не получилось, он занят проектом "1000 русских геномов", и все остальное сейчас не в приоритете. Так что придется писать тезисы в Сингапур и уже по почте выбивать из Стива деньги на билеты.
Вечером оставили мелкую с родителями и сходили с Анькой в "Хрустальный дракон" на первое занятие интенсива по танго. Выглядит забавно, надо еще походить, чтобы распробовать.
Почистил и поставил собираться транскриптом мать-и-мачехи. Очень интересно, что получится. Нужны гены сесквитерпеназ. Очень нужны.

дыбр

главная