Ознакомьтесь с нашей политикой обработки персональных данных
  • ↓
  • ↑
  • ⇑
 
23:10 

Скоро будем голодать

Сегодня тоже какой-то пустой день. Забрал паспорта Аньки и мелкой, им дали финские мультивизы на два года. Почти закончил аннотацию транскриптов для мать-и-мачехи, загрузил их в sqlite-базу. Договорился о печати тезисов на миниконференции - "Свое издательство" очень крутое.
Потупили с Элей на тему проектов на летней школе. Есть тема дать ребятам собрать дрожжи и поискать там последовательности "винного кластера" или еще каких-нибудь интересных генов.
Внезапно словил приступ паники на тему того, что уже июль, в конце августа заканчивается срок моего постдока, а статьи еще не вышли, и даже не поданы. Надо собраться с мыслями, сконцентрироваться и наконец дописать всю эту кучу материала, которая у меня лежит в почти готовом виде. Шансов мало, но пробовать надо. Не успею - буду питаться человечиной из мусорников.

01:26 

Про то, как все починилось

Давно ничего не писал - несколько дней провалились куда-то в темноту, на фоне надвигающейся депрессии и внутрисемейных сложностей. Но в итоге сегодня вроде тучи разошлись (тьфу-тьфу-тьфу), и можно спокойно посидеть в уголочке со своей работой.

Получил ответ из Сингапура, тезисы приняли, теперь осталось оплатить участие в конференции. Написал Стиву, если он даст денег, будет круто. Еще сегодня собирались группой по колоректальному раку, для которого я им в прошлом году дифэкспрессию считал. Там идея в сравнении экспрессии генов в двух клеточных линиях колоректального рака, одна из которых экспрессирует онкомаркер CEA, а другая нет. Планируют сделать драфт статьи в ближайшее время, надо для этого провести дополнительный анализ альтернативного сплайсинга - понять, насколько различается уровень не только генов, но и разных их изоформ. Выглядит несложно, надо в пятницу сесть и сделать.
Еще, кажется, наконец нашел для девок хорошую крутую дачу. В воскресенье поедем смотреть.

01:51 

Круглые карты, снова транскриптом и немного лингвистики

Сегодня утром закончил карту для прохлоротрикса - слил контиги в один, переаннотировал RASTом, запихнул в CGview. Получилось красивенько:



Добавил инфу по анализу, отправил. Если все срастется, будет статья. Еще пара таких же, и есть шансы на продление постдока еще на год.

Съездил в ИЛИ, послушал доклад Полины про тувинский язык. Довольно круто, может быть прикольная статья и даже диссер, если еще сравнительные штуки приплести, из турецкого и всяких сибирских языков.

Дальше в лабе снова пилил дифэкспрессию для мать-и-мачехи. После очистки от рРНК ушли не все риды, к сожалению, но с этим уже ничего не сделать, по крайней мере пока. По предварительным прикидкам получается интересно, в железистых трихомах по сравнению с листьями активно работает халкон-синтаза и энхансер производства флавоноидов CmEFP. Более точно будет понятно, когда наконец мы получим аннотацию генов. Кстати, интересно может быть попробовать мапить не на мРНК, а на белки - надо почитать, делают ли так. В случае полицистронной транскрипции это может сильно повлиять на результат. Еще в обе стороны вылезает рибосомалка, от которой так и не удалось избавиться - может быть, в случае белков это тоже поможет.

Посоветовался с Андреем насчет панголинов - надо сделать реконструкцию предкового генома в PAML и сравнить, кто из наших двух ребят более продвинут. По идее, по соображениям филогеографии самым прошаренным должен быть малайский, он ушел дальше от центра зарождения, но это ничего не значит, давление среды могло меняться везде. Проверим и посмотрим. Еще надо отдельно посмотреть митохондриалки всех панголинов, в качестве дополнительного свидетельства.

Лёша нашел крутую штуку в геноме белой акулы, но это пока NDA.

Вечером на самокатах докатили до Спортивной, поймали Полинку и успели посмотреть на Ю., которая завтра сваливает до августа. Или до насовсем, как сложится.
Еще получил 10й уровень в Хабите, долго думал, кем быть. Воином тупо, вор в партии уже есть.. Клирик - это наше всё, конечно, но это было давно, и я уже давно не тот человек. Посмотрим, на что похожи местные маги.

00:34 

Два дня к вечеру падал без сил, так что записи пропущены и вся партия в хабите получила кучу дамаги. Продолжаем разговор.

Сегодня вернулся Лёша Комиссаров, так что все снова завертелось. Набросали план аннотации для геномов беспозвоночных. По сути, все то же самое, но есть ряд особых биологических вопросов - надо смотреть наборы генов, отвечающие за определенные признаки, по Gene Onthology. Там все довольно странно должно быть с генными семействами, не так, как у всех.
Список основных статей лежит здесь - www.evernote.com/shard/s302/sh/7662ed16-f6b6-47.... Надо будет собраться и просмотреть, по крайней мере cornerstone papers.
Получилось синтезировать двуцепочечную кДНК для мать-и-мачехи. Концентрация маленькая, 0.5 нг/мкл, но по идее должно хватить. Надо будет завтра еще почистить и переосадить, может, получше будет. Если повезет, это будут основные данные по проекту из БИНа с сесквитерпеновыми лактонами, можно будет посмотреть дифэкспрессию и наконец-то развязаться со всем этим.
Пытался отрисовать картинки к своей статье по диссеру, которую Коля пинает дописать. FigTree почему-то тупит и не позволяет переукоренить деревья, надо будет загрузить в R и сделать всё по уму.
Спросил Лёшу и Андрея по поводу окситоцина - оказывается, была недавно статья в Nature или в Science, никто не помнит, где точно, про то, что у собак то ли увеличена экспрессия, то ли копийность генов синтеза окситоцина, и это связано с доместикацией. И по идее это можно смотреть у всех животных, которых можно одомашнить, в том числе и у нерпы.

00:17 

Желание уйти мыть кастрюли крепнет день ото дня.
Сегодня утром тупил дома с мелкой, ждал возвращения Ф. с вождения. Потом в лабу на семинар, ребята из ВНИИСХМ рассказывали про свои азотфиксирующие бактерии, которые они изучают на вавиловии. Вроде довольно интересно, но видно, что для ребят эта область новая, и некоторые результаты довольно стремные. Хорошо работать с бактериями, они могут позволить себе секвенировать за раз сразу целую кучу штаммов. Еще у них забавная идея по определению горизонтального переноса путем сравнения кучи деревьев, каждое из которых построено по одному гену - и на основе попарных расстояний между этими деревьями уже строится дерево деревьев, точнее, кластеризация генов по их эволюционному паттерну.
По идее, можно с ними вписаться в коллаборацию, там есть что улучшать, хотя бы в области этих самых супердеревьев. Но как-то мне, кажется, текущих проектов и так хватает выше головы. Странное ощущение, что я не знаю чем заняться, и при этом ничего не успеваю.
Гайк подсказал почитать про поиск ERV в паре статей, где это подробно описано. Но, по ходу, это не особо перспективно - даже если они найдутся, непонятно, что это нам даст.

02:22 

Пасмурно, день накануне.

Вчера пришел домой и упал спать, не успев ничего сюда написать - в итоге получил закономерный минус по хитам в Habit и минус в карму от всей команды. Хотя было довольно много всего - ходили в Ботсад с Анькой, мелкой и еще кучей народу смотреть на сакуру. Кажется, в этот день половина города развлекалась тем же. Потом добрался до лабы, из полезного успел только поставить считаться SAM-файл со всеми библиотеками для нерпы, чтобы таки растянуть ее с помощью RACA на кошачьи хромосомы. Да, с утра еще в первый мед на обследование для очередной сдачи тромбоцитов, вечером - за справкой к инфекционисту на Ленинский. Заодно зашел к родителям, показал отцу, как в вк фоточки заливать.

Сегодня с утра сдавал тромбоциты - в этот раз, видимо, удачно вкололи, забор почти не останавливался. И мне по-прежнему скучно час лежать и ничего не делать. Доктор, что со мной не так?
По обратной дороге зашел постричься, теперь у меня есть любимый мастер совсем рядом с домом. Потусили с мелкой, поговорил с Джуном Лиангом из малайской команды про их транскриптомную статью. Они хотят ее улучшить, готовы принять в соавторы. Но это сложно, там у них в статье куча данных и никакой истории. Например, по всем ортологам построили филогению, а получилось дерево, которое уже и так известно. Сравнили транскриптомы из разных органов - а в итоге экспрессия почти везде одинаковая. Показали, что есть обогащение по генам, отвечающим за стресс - но у них было одно животное, беременная самка, причем уже умирающая (живого здорового панголина никто забить не даст, конечно). Так что data-driven research не получается, если что-нибудь крутое срочно не придумать. Клаус сказал то же самое - мол, лучше даже не пытаться, а подключить это к геномной статье, а то будет "salami-paper", когда каждый кусок данных пытаются опубликовать отдельно и получается куча лишенских статей в мурзилках с низким импактом.
На обед вытащил Полину к узбекам, она рассказала, что ее папа зовет ее в Китай в конце лета на неделю. Оказывается, можно вписаться и поехать с ними. Надо подумать, отпустят ли меня домашние и сколько это будет стоить.

Виделся с Олей, говорили про разное. Кажется, у меня где-то нашлась заначка вселенского спокойствия. Надо будет не забыть, где она лежит, и пользоваться при случае.
Вечером отвез Полинке чехол для велика для их завтрашнего похода и аккум. В ночи, пока мелкая спала, Анька показала нам с Лёшкой "Фриду", в рамках подготовки к ЧС. Отличнейший фильм, очень крутой и красивый. Я б так жил - интересно, что мешает?

03:49 

Дождь идет стеной, дождь идет весь день

По ходу, организм после очередного отбоя в три часа ночи сказал "хозяин, ты совсем офигел" и вырубился до одиннадцати утра. ЧСХ, я же даже в Хабите завел привычку не ложиться после часа ночи. Но я ее завел как пряник, а не как кнут (сделал - получил экспу, не сделал - ничего не будет), и, по ходу, это не работает.
Внезапно осознал, что уезжать уже послезавтра, а рюкзак не собран, велик не смазан, и вообще паника-паника. И непонятно, в каком составе мы едем, так как Ксюша внезапно сорвалась в Непал - она там провела много времени, помогала строить школу, ну и вообще. Все правильно сделала, в общем.
В лабе Клаус меня поймал с новой идеей про нерпу. Она в Байкале питается практически исключительно голомянкой (он долго пытался выговорить это слово). Голомянка живет глубоко, нерпе надо за ней нырять и где-то там ее искать в полной темноте, практически наощупь. Так что имеет смысл посмотреть, что у нее с сенсорами - генами, отвечающими за зрение, запах, вот это всё. Они должны быть развиты гораздо больше, чем у их наземных родственников.
Дальше встретил Ю., пробежались по Острову на тему ее будущей игры для школьников, потом через пробки домой, отпустить Аньку на танцы. Приходила в гости Тролленок за ноутом на первые майские, была немедленно закаваена Женькой. Дальше вернулись Анька и Сайленсер, устроили локальный magic dance из "Лабиринта", потом пришло время нанести визит дружбы к соседям снизу, которых мы давеча залили цементом. Милые ребята, мальчик-инженер и девочка-экономист. Попили чаю с тортиком, договорились больше никого ничем не заливать. Показали нам адский апгрейд для велика - набор с Ebay, который превращает его в реальный мопед. Правда, говорят, не очень удобный, лучше заказывать электрический - тихо, экологично, можно заряжать по ходу, крутя педали.
Потом засмотрели очередную серию Сагана - в этот раз про Край Вечности. Все-таки он офигенный, я фанат. Рассказывал про Флатландию и черные дыры, показывал модельку тессеракта и индийские храмы. И трехмерный объект, по форме напоминающий яблоко, который очень расстроен тем, что его приняли за психическое заболевание.
Пообещал Сайленсеру заказать для него наборчик 23andMe, пообнимал Аньку, перевел наконец на русский тот кусок заявки про ботву. Теперь можно со спокойной совестью поставить галку в Хабите и идти спать.

03:07 

Вражеские ворота там, где Роулинг

Продолжаю грызть HPmor - в любом удобном месте, в метро, на эскалаторе, в маршрутке, даже просто идя по улице. Когда же он закончится?
С утра был эпик фэйл - поехал на Красного Текстильщика за заграном мелкой, и уже на месте обнаружил, что забыл ее свидетельство о рождении дома. Придется Аньке забирать, когда она пойдет за своим паспортом. Потом поехал в лабу, тупил, делал вид, что работаю. Просмотрел и отредактировал проект Владимира по Boechera, осталось поправить язык и сделать русскую версию - за два дня должны уложиться. Послушал рассказы Клауса о чудных карьерных перспективах в Штатах, включая возможность пользоваться кластером в Оак-Ридж. Показал ему хромосомные карты для нерпы, тот подтвердил историю с перестройками у собак и разницу в филогении по генам и по перестройкам, одобрил идею запускать RACA на кошке и человеке. Посоветовал обратиться к Kerstin Lindblad-Toh из Броада, которая сейчас работает в Упсале и собирает данные для 200 или что-то вроде геномов, чтобы сделать новую версию Evolutionary Constrained Elements (апгрейд их статьи www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3207357/). Хорошая сборка моржа на NCBI - это их данные, и они могут помочь в обработке. Заодно прислал нам статьи про новый метод Hi-C, который ребята из Швейцарии как раз хотят опробовать на Boechera.
Потом встречался с добрым человеком Риткой, получил давно обещанное морошковое варенье и ништяк из Ебурга, увидел крутую мозаичную икону Петрова-Водкина на бывшем здании института Вредена на Горьковской. Офигенное ар-нуво, смотрел бы и смотрел.
Потом домой, подхватил Аньку, встретили Сайленсера с Вил и пошли смотреть новых "Мстителей". Если не включать мозг, то даже неплохо, но это не так просто. Халк страдать.
В ночи сделал последний квиз по G&CD, оценил работы, пришедшие на peer review. Кажется, с этим курсом всё - через неделю узнаю оценки, но вроде есть шансы на полный балл.

20:06 

Дыбр, 16.04.15

Заканчиваем ремонт. Сегодня, надеюсь, последний день с пустым коридором и кухней, покрытыми свежим цементом. Завтра придет восточный мужчина Серик и, по его словам, наконец-то положит подложку и ламинат, и можно будет жить нормально.
Добежало выравнивание цианобактерии на референс, в этот раз без ошибок - проверил с UniVec на наличие адаптеров, ничего не нашлось. Отправил в NCBI и подтверждение Наташе Величко. Она попросила проаннотировать, засунул новую сборку в RAST. К середине дня добежало, отправил ей.
Пошел подавать на визу. По дороге слушал Exploratory Data Analysis, третий курс из трека Data Science на курсере. С огорчением увидел, что, оказывается, уже идет вторая неделя, а к концу первой нужно было не только пройти тест, но и запостить ответы на первое практическое задание. Так что, видимо, не надо тратить время сейчас, и надо будет пройти его уже на следующий запуск - я все-таки хочу пройти все курсы этого трека на 100%. Так что в этом месяце надо пройти Getting and Cleaning Data и Reproducible research (первый у меня уже почти сделан, надо допилить практику до воскресенья). С визой меня развернули, так что надо думать, что еще можно сделать.
На работе отлично пообедали с Лёшей К. у наших соседей-узбеков. По дороге говорили про корпус русского языка - у Лёши есть вся флибуста, и теперь он развлекается тем, что пишет парсеры для нее. Уже умеет искать ближайшую книгу по спектру к-меров (точнее, униграмм - 1-мер из 1 слова).
Стив собирал staff meeting - он скоро уезжает, вернется только на майские. Велел не стесняться и говорить с ним, когда не знаешь что делать.
Внезапно оказалось, что у нас в лабе Денис Ларкин, проездом из Лондона. Пристали к нему с хромосомными картами для нерпы и панголина, подёргал Лёшу Макунина. Оказалось, что нерпа ближе к кошкам, чем к собакам, и на человека ее хромосомы похожи больше, чем на собачьи. Оказывается, у Canidae было много перестроек, и среди всех Caniformia самый предковый кариотип оказался у каменной куницы (Martes folia, Mustelidae) - похож на общий предковый для Caniformia и Feliformia.
sysbio.oxfordjournals.org/content/54/2/317/F5.m...
Интересно, что в статье про панголина тоже рекомендовали сравнивать его с кошкой и собакой через каменную куницу. Лёша прислал обзор по хромосомному пэйнтингу хищных, надо посмотреть.
Денис посоветовал запустить RACA нерпы на кошку, а как аутгруппу взять человека. Попробую скачать и запустить, там есть версия 2014 года.
Завтра пятница, надо с утра попробовать добраться до скалодрома. Потом на визу (если сегодня узнаю, что делать).
Сегодня дома надо не работать, учиться буду завтра. Пора начинать работать на работе, а дома жить спокойно. Осталось понять, как это делать, чтобы не повеситься.
Завтра надо понять, как распарсить функциональную аннотацию. Данные здесь:
sdobzhanskycenter.ru/storage1/akomissarov/genome...
Попробовать по GO по аналогии с гепардом, но не руками. И домашку от Андрея по филогеномике ещё. И тогда будет хорошо.

02:28 

Какой-то пустой день, практически ничего не сделал. Поспорил с Пашей, что подам "Мой первый грант" до вторника. Авантюра, но шансы есть.
В остальном всё как через мутное стекло, весь день способен только на самые простые, технические вещи - собрать статы по геному для статьи про Prochlorothrix, еще что-то подобное.
Надо выспаться.

02:05 

Бактерии, микроРНК, BEDtools и тараканы в голове

Странные ощущения, как будто после очередной встряски немного выбрался из болота, но куда двигаться дальше, совершенно непонятно. Кажется, нашел большого и жирного таракана в голове, с самого детства, который испортил жизнь и мне, и еще целому ряду людей. Мировоззренческий кризис детектед.
По работе для Prochlorothrix в итоге досчитался COG на том сайте, осталось еще пару статистик по геному и можно публиковать. Для Gluconacetobacter выровнял геном на ближайший собранный, получил псевдохромосому, но целая куча контигов осталась незамапленной. Некоторые из них пробластил - типично бактериальные, скорее всего, какие-то плазмиды. Не очень понятно, что с этим делать - видимо, депонировать "псевдохромосому" и приложенную к ней кучу оставшихся контигов. Или просто выложить все контиги кучей, а "псевдохромосому" использовать для рисования карт.
У нас в гостях Марк Дикенс из UCSC, у него клёвый фотик. Спрашивал, что я делаю, рассказал ему про панголинов - они с Ксюшей попробуют их выровнять, взяв корову внешней группой, тогда можно будет реконструировать последовательность общего предка и понять, какой из двух видов более продвинут.
Вечером пытался освоить bedtools для проекта Инны по сибасу - ей интересно посмотреть на микроРНК, которые вроде как отвечают за контроль пола, на какие именно гены они садятся. Исходный GFF битый, пришлось искать другой, запустил пересечение на ночь. Надеюсь, завтра мы всё узнаем.

02:03 

Поставил считаться обогащение по различным кластерам ортологов для статьи по цианобактерии. Предлагают все делать ручками через хитрый бласт - очень лень, так что пока закинул все белки в онлайновый тул (weizhong-lab.ucsd.edu/), подождем, что он насчитает. Собрал заново глюконацетобактер, искал ближайший полный геном для референса, потерялся и не успел в итоге. Завтра найду, поставлю выравниваться.
Ходили получать электронные пропуска, было странно, примерно так:
instagram.com/p/4RfIO-AqqM/?taken-by=mrayko

Еще по дороге забрал ЭГК с расшифровкой (пара симптомов, но все - варианты нормы), и дочитал "Дивный новый мир" для read_classic_ru. Круче всего, конечно, начало автороского предисловия - мол, всем известно, что если сделал плохо, бесполезно переживать, надо извиниться, исправить по мере возможности и жить дальше. Вот прям про меня. Интересно, что они выберут дальше.
Вечером приходила мама гулять с мелкой, пока Анька была на вождении, а я на танцах. На танго учили первую полноценную связку - salida, довольно крутая штука, под конец даже начала хорошо получаться. Запомнить для себя - все время держать корпус в тонусе, и переносить вес через верх.
Завтра надо написать тёте-психологу и наконец начать нормально писать статью, чтобы хотя бы две бактериальные успели выйти к концу лета. И мой первый грант, да.

00:09 

Сегодня отправил предварительный отчет по транскриптому Tussilago. Получается довольно логично, даже при нашем недостатке данных - в трихомах работают гены халкон синтазы и халкон-флавонон изомеразы, которые фигачат флавоноиды. Мы, правда, искали лактоны в первую очередь, но их там нет и по данным масс-спектроскопии, так что, может быть, их там вообще на самом деле нет. В общем, тоже результат, для отчета по гранту пойдет. В листьях по сравнению с трихомами в полный рост оверэкспрессированны хлоропластные гены типа рубиско. Не rocket science, конечно, но пять тысяч новых генов тоже ничего.
Дома всё по-прежнему непонятно. Нужен хороший семейный психолог, пока никто никого не убил.

01:13 

День, которого лучше бы не было

Все началось с того, что с утра сильно поругались с Анькой, Полика очень обиделась, и Лёшка решил от всех от нас взять тайм-аут. В итоге большая часть дня прошла в состоянии легкого охренения. Из остального - съездил в Сады посмотреть на Сашкину дачу, на предмет отправить туда девок на июль (горячей воды нет, туалет во дворе, дача советская типичная одна штука), помог Ю. поискать потерянный в Копенгагене багаж (пока безуспешно, надо поглядывать трекер периодически). В общем, ну его нафиг такоё всё, хоть разводись.
Ну и работа с учебой тоже по нулям, конечно же.

02:43 

Джеймс Уотсон и дифэкспрессия

С утра отволокли с Полинкой мешок вещей со вчерашней шмоткопати в котейнер "Спасибо".
Дальше поехал в универ (в ВШМ) на встречу Уотсона с молодыми, блин, учеными. Динозавр такой серьезный, молодец - как обычно, выдавал свои шовинистические комментарии и уроки жизни. Потом ребята сказали, что был следующий комментарии из Астразенеки:
"oh is it the guy whole stole credit for DNA structure from Rosalind Franklin?"
;)

Потом в лабе усиленно доделывал дифэкспрессию. Получилось найти штук двадцать генов, которые работают по разному в трихомах и листьях, причем первым же выпал CHSY_CALCH (Chalcone synthase), который по идее играет какую-то роль в синтезе метаболитов. Надо спрашивать у Муравник и Шеварды, они должны знать. Плохой новостью оказалось то, что многие из них не определяются в blastp, по результатам blastx оказываются чем-то совсем далёким, а при бласте вручную выясняется, что это короткие куски рРНК, которые отлично мапятся на рРНК подсолнечника, как самого близкого. Т.е. у нас много рРНК в пробах, от которой надо избавляться. То ли потому что я РНКазу не добавлял нормально, то ли праймеры олигоТ сели неспецифично, но факт остается фактом. В итоге замапил все библиотеки на рибосомалку подсолнуха - из первой почти ничего не ушло, из второй ушло 30% данных. На очищенных данных поставил заново собираться rnaSPAdes, может оказаться интереснее. Но в любом случае нужно больше золота.
Параллельно искал, чем можно рисовать карту генома для бактерии. Перепробовал несколько штук, всем нужны хитрые gff и конкатенировать драфтовые геномы в один, родные ncbi-ные не подходят (CGView и т.п.). В итоге нашел онлайновый GView (server.gview.ca), которому достаточно простого gbk, чтобы все нормально отрисовать. Пока работает, утром посмотрим, что получилось.
Еще сегодня ходили обедать с Инной из Сингапура, на которую Лёша работает. Она сейчас в Гонконге, рассказывала, как у них все забавно организовано и как Китай хочет собрать обратно по-хорошему все свои спорные территории, и еще ведет экспансию в Африку. Есть тема вписаться в их статью по геному сибаса, если сделать для них дифэкспрессию микроРНК у самцов и самок и посмотреть отличия. Попробуем завтра обсудить и что-нибудь с этим сделать, благо библиотеки нужные все есть.

02:17 

Сегодня было довольно забавно, но по работе в итоге почти ничего не сделал.
Большую часть дня собеседовали кандидатов на следующий год. Совсем блестящих не было, но некоторые довольно интересные. Вообще в JetBrains очень круто, каждый раз думаю, как хорошо быть хорошим программистом - можно найти место, где будут все условия для хорошей работы, и ты сможешь стать еще лучшим программистом. Богатые становятся богаче, а бедные беднее, всё как всегда.

04:17 

Transcriptome day

Сегодня с утра собеседовали в ИБ на следующий год в поток биологов очень крутую девочку, которая ушла с журфака универа, поступила на биофак и сейчас на втором курсе. Работает с информацией и владеет материалом так, как немногие аспиранты умеют. Можно было брать без собеседования, очень здорово.
Потом сидел работал в JetBrains у большого окна во всю стену - оказывается, так работается не в пример лучше. Пытался разобраться с транскриптомом. Пока что rnaSPAdes собрал лучше, чем Trinity, по крайней мере судя по CEGMA. Добежала отдельная сборка по разным тканям, поставил считаться CEGMA на образец из листьев. В итоге упал, не добежав - нужны хитрые пути к genewise. Но, судя по статам, по отдельности собралось гораздо хуже, чем вместе, так что будем действовать по изначальному плану - собрать транскриптом из всех ридов вместе, а потом мапить на него отдельно риды для разных тканей и сравнивать обогащение. Заодно почитал статью про BUSCO, это новая версия CEGMA со специфическими наборами генов для разных групп организмов, обещают более точную оценку и быструю работу. Наконец-то поставил галку в хабите в пункте "читать >0 статей в день".
Настроил на маке Trinotate и Transdecoder, получил набор потенциальных белков. Запустил функциональную аннотацию с бластом, будет долго бежать. Пока бежит, решил глазами посмотреть самый длинный контиг - он оказался длиной адские 68 килобаз. Бластится на митохондриальную ДНК подсолнечника, с кучей генов в середине. Интересно и непонятно.
Приехал на Средний, сходили с Полинкой и Лёшей обедать, обсуждали вчерашний пост про депрессию и биполярное расстройство на хабре. Сошлись на том, что котикам нужен хороший пастух, желательно с психологической вышкой.
В Доби поговорил с Сережей и Синдбадом, почитал интернеты - оказывается, у растений в митохондриях может быть полицистронная транскрипция, как у бактерий, и еще куча интронов I и II рода. Я про них же писал в диссере, совсем забыл. Если покрутить эти наши митохондриалки, может быть интересно с точки зрения эволюции этого дела. И отдать Лёше на растерзание, потому что это те же самые повторы по сути. Скачал крутой обзор на почитать в метро, про растительную мтДНК.
Вечером добрался на очередное занятие по танго в "Хрустальный Дракон". Учусь ходить, теперь и назад.
К ночи добежала первая часть аннотации, blastx. Навскидку большая часть транскриптов определена как arabidopsis или nicotiana, что не может не радовать - по крайней мере мы секвенировали растение, а не контаминант.
А мелкой тем временем стукнуло восемь месяцев. По этому случаю она решила лечь спать пораньше и дать всем родителям спокойно посмотреть кино, что было очень мило с ее стороны.

02:31 

Танго и провал тайм-менеджмента

Весь день тупил в лабе, пытался дождаться Стива на пару слов - он вернулся в Питер на один день, и завтра улетает до августа. Но не получилось, он занят проектом "1000 русских геномов", и все остальное сейчас не в приоритете. Так что придется писать тезисы в Сингапур и уже по почте выбивать из Стива деньги на билеты.
Вечером оставили мелкую с родителями и сходили с Анькой в "Хрустальный дракон" на первое занятие интенсива по танго. Выглядит забавно, надо еще походить, чтобы распробовать.
Почистил и поставил собираться транскриптом мать-и-мачехи. Очень интересно, что получится. Нужны гены сесквитерпеназ. Очень нужны.

02:25 

Микробиологи и супчик

Сегодня ходил в гости на кафедру микробиологии. АА рассказывала о перспективах работы, в перерывах между ее тирадами удалось все-таки узнать, что ей от меня нужно для оформления патента, а заодно и выяснить необходимые морфологические характеристики нашего штамма. По идее, теперь все данные у меня есть, и я поспорил с Лёшей К., что до конца недели допишу статью в SIGS. Если получится, это будет моя первая статья в Доби, первая статья, где я первый автор, и первая статья с импактом больше двух (во исполнение условий контракта). Причем почти весь материал для нее я получил в первый месяц работы здесь. Фу быть таким прокрастинатором.
Потом поймал Лёшу и прекрасных женщин, и пошли к узбекам. По ходу выясняли планы на лето и возможность рвануть в августе на Байкал. По ходу, Полина собирается с нами, и потом из Иркутска сразу летит в Гуанчжоу - в экспедицию по Китаю и Вьетнаму со своим папой, в которую я не вписался, потому что протупил. Фу быть таким прокрастинатором №2.
Еще сегодня получил данные по транскриптому мать-и-мачехи. Надо собрать на сервере с помощью Trinity и отдать ребятам на rnaSPAdes, посмотреть, кто лучше справится. Так и чешутся руки сразу этим заняться - все-таки мой проект во многом, и собственноручно выделенная РНК, очень стремно. Но надо взять себя в руки и делать не то, что хочется, а то, что надо. Так что пока быстренько глянул их FastQC и закинул на сервер - завтра почищу и соберу.
Вечером гуляли с мелкой в Удельном парке до полного изумления, пока Анька пересаживала километры травы и варила крутейший супчик. Мелкая с упоением хватала ветки и листья, и пырилась в огромный мир.
Приходил Сайленсер, немножко поиграли, дождались Лёшку и посмотрели последнюю серию "Космоса" Сагана. Господи, какой же он крутой. Я фанат, просто готов подписаться под каждым его словом. Никогда не читал и не слышал ничего, что так хорошо ложилось бы на собственные представления о мире. Появляется какое-то ощущение собственной идентичности, и я перестаю дергаться на тему "что я, кто я, зачем я". Смысл жизни на блюдечке. Рационально мыслить, проверять гипотезы, не принимать ничего на веру, и при этом не бояться действовать. Жизнь как высшая ценность, знание как высшее благо. Саган, Фейнман, Поппер, Рассел - ребята, вы очень крутые, я хочу быть достойным тех идей, которые вы нам оставили.

02:47 

Уфффф... Сегодня получил ответ от Клауса, в котором он меня поздравил с предложенной позицией, и сказал, что даст все нужные рекомендации. Вечером собрался с духом и таки отправил Павлу CV и адреса всех тех, кто может дать рекомендации. Посмотрим, что из этого всего получится.
Днем в Сосновке жарили сосиски и пугали прохожих песнями Башни, Калугина и Медведева, а также всяким ролевым фольклором в исполнении Сайленсера. По этому поводу мелкая на радостях наелась земли и ползала довольная. Здоровее будет, чё.
Начал грызть следующие два курса, "Воспроизводимые исследования" и "Статистический вывод". Конечно, все домашки в последний день, клятвенно обещаю себе посмотреть все лекции в начале следующей недели, но что-то очень сомневаюсь. Причем статистический курс очень крутой, там, судя по заданиям, в первую же неделю дают весь базовый аппарат статистики, включая байесовский подход. Мне уже стремно, но попробую не дропнуться.

дыбр

главная