04:17 

Transcriptome day

Сегодня с утра собеседовали в ИБ на следующий год в поток биологов очень крутую девочку, которая ушла с журфака универа, поступила на биофак и сейчас на втором курсе. Работает с информацией и владеет материалом так, как немногие аспиранты умеют. Можно было брать без собеседования, очень здорово.
Потом сидел работал в JetBrains у большого окна во всю стену - оказывается, так работается не в пример лучше. Пытался разобраться с транскриптомом. Пока что rnaSPAdes собрал лучше, чем Trinity, по крайней мере судя по CEGMA. Добежала отдельная сборка по разным тканям, поставил считаться CEGMA на образец из листьев. В итоге упал, не добежав - нужны хитрые пути к genewise. Но, судя по статам, по отдельности собралось гораздо хуже, чем вместе, так что будем действовать по изначальному плану - собрать транскриптом из всех ридов вместе, а потом мапить на него отдельно риды для разных тканей и сравнивать обогащение. Заодно почитал статью про BUSCO, это новая версия CEGMA со специфическими наборами генов для разных групп организмов, обещают более точную оценку и быструю работу. Наконец-то поставил галку в хабите в пункте "читать >0 статей в день".
Настроил на маке Trinotate и Transdecoder, получил набор потенциальных белков. Запустил функциональную аннотацию с бластом, будет долго бежать. Пока бежит, решил глазами посмотреть самый длинный контиг - он оказался длиной адские 68 килобаз. Бластится на митохондриальную ДНК подсолнечника, с кучей генов в середине. Интересно и непонятно.
Приехал на Средний, сходили с Полинкой и Лёшей обедать, обсуждали вчерашний пост про депрессию и биполярное расстройство на хабре. Сошлись на том, что котикам нужен хороший пастух, желательно с психологической вышкой.
В Доби поговорил с Сережей и Синдбадом, почитал интернеты - оказывается, у растений в митохондриях может быть полицистронная транскрипция, как у бактерий, и еще куча интронов I и II рода. Я про них же писал в диссере, совсем забыл. Если покрутить эти наши митохондриалки, может быть интересно с точки зрения эволюции этого дела. И отдать Лёше на растерзание, потому что это те же самые повторы по сути. Скачал крутой обзор на почитать в метро, про растительную мтДНК.
Вечером добрался на очередное занятие по танго в "Хрустальный Дракон". Учусь ходить, теперь и назад.
К ночи добежала первая часть аннотации, blastx. Навскидку большая часть транскриптов определена как arabidopsis или nicotiana, что не может не радовать - по крайней мере мы секвенировали растение, а не контаминант.
А мелкой тем временем стукнуло восемь месяцев. По этому случаю она решила лечь спать пораньше и дать всем родителям спокойно посмотреть кино, что было очень мило с ее стороны.

URL
   

дыбр

главная