С утра отволокли с Полинкой мешок вещей со вчерашней шмоткопати в котейнер "Спасибо".
Дальше поехал в универ (в ВШМ) на встречу Уотсона с молодыми, блин, учеными. Динозавр такой серьезный, молодец - как обычно, выдавал свои шовинистические комментарии и уроки жизни. Потом ребята сказали, что был следующий комментарии из Астразенеки:
"oh is it the guy whole stole credit for DNA structure from Rosalind Franklin?"
;)

Потом в лабе усиленно доделывал дифэкспрессию. Получилось найти штук двадцать генов, которые работают по разному в трихомах и листьях, причем первым же выпал CHSY_CALCH (Chalcone synthase), который по идее играет какую-то роль в синтезе метаболитов. Надо спрашивать у Муравник и Шеварды, они должны знать. Плохой новостью оказалось то, что многие из них не определяются в blastp, по результатам blastx оказываются чем-то совсем далёким, а при бласте вручную выясняется, что это короткие куски рРНК, которые отлично мапятся на рРНК подсолнечника, как самого близкого. Т.е. у нас много рРНК в пробах, от которой надо избавляться. То ли потому что я РНКазу не добавлял нормально, то ли праймеры олигоТ сели неспецифично, но факт остается фактом. В итоге замапил все библиотеки на рибосомалку подсолнуха - из первой почти ничего не ушло, из второй ушло 30% данных. На очищенных данных поставил заново собираться rnaSPAdes, может оказаться интереснее. Но в любом случае нужно больше золота.
Параллельно искал, чем можно рисовать карту генома для бактерии. Перепробовал несколько штук, всем нужны хитрые gff и конкатенировать драфтовые геномы в один, родные ncbi-ные не подходят (CGView и т.п.). В итоге нашел онлайновый GView (server.gview.ca), которому достаточно простого gbk, чтобы все нормально отрисовать. Пока работает, утром посмотрим, что получилось.
Еще сегодня ходили обедать с Инной из Сингапура, на которую Лёша работает. Она сейчас в Гонконге, рассказывала, как у них все забавно организовано и как Китай хочет собрать обратно по-хорошему все свои спорные территории, и еще ведет экспансию в Африку. Есть тема вписаться в их статью по геному сибаса, если сделать для них дифэкспрессию микроРНК у самцов и самок и посмотреть отличия. Попробуем завтра обсудить и что-нибудь с этим сделать, благо библиотеки нужные все есть.