02:05 

Бактерии, микроРНК, BEDtools и тараканы в голове

Странные ощущения, как будто после очередной встряски немного выбрался из болота, но куда двигаться дальше, совершенно непонятно. Кажется, нашел большого и жирного таракана в голове, с самого детства, который испортил жизнь и мне, и еще целому ряду людей. Мировоззренческий кризис детектед.
По работе для Prochlorothrix в итоге досчитался COG на том сайте, осталось еще пару статистик по геному и можно публиковать. Для Gluconacetobacter выровнял геном на ближайший собранный, получил псевдохромосому, но целая куча контигов осталась незамапленной. Некоторые из них пробластил - типично бактериальные, скорее всего, какие-то плазмиды. Не очень понятно, что с этим делать - видимо, депонировать "псевдохромосому" и приложенную к ней кучу оставшихся контигов. Или просто выложить все контиги кучей, а "псевдохромосому" использовать для рисования карт.
У нас в гостях Марк Дикенс из UCSC, у него клёвый фотик. Спрашивал, что я делаю, рассказал ему про панголинов - они с Ксюшей попробуют их выровнять, взяв корову внешней группой, тогда можно будет реконструировать последовательность общего предка и понять, какой из двух видов более продвинут.
Вечером пытался освоить bedtools для проекта Инны по сибасу - ей интересно посмотреть на микроРНК, которые вроде как отвечают за контроль пола, на какие именно гены они садятся. Исходный GFF битый, пришлось искать другой, запустил пересечение на ночь. Надеюсь, завтра мы всё узнаем.

URL
   

дыбр

главная